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[硕士论文] 钟凯
信息资源管理 中国科学技术信息研究所 2017(学位年度)
摘要:近几年随着人类遗传资源样本库建设的迅速推进,人类遗传资源样本及其衍生信息作为中国战略性资源,其重要性不言而喻。但由于相关政策法规的缺失,中国人类遗传资源样本信息的共享状况不容乐观。这其中,作为描述人类遗传资源样本信息的元数据,目前整体质量状况不佳,从而严重影响了样本交流、共享的效果。为此,开展人类遗传资源样本信息元数据质量研究,构建科学、合理的样本信息元数据质量评价指标体系和方法体系,对于改进和提升人类遗传资源样本信息元数据质量的理论研究和实践应用水平具有重要意义。
  本文首先在对国内外人类遗传资源样本信息的基本概念、样本信息库研究和元数据质量评价研究开展综述分析,对样本信息库元数据质量评价基础进行了深度认识。结合样本信息库建设的质量要求,包括样本信息资源的可管理功能、基本服务功能和深度服务功能等,以及传统质量评价和信息资源质量评价理论与方法,深入分析了人类遗传资源样本信息的特殊性,提炼出其元数据质量评价的维度,提出了一个包括形式质量、内容质量和效用质量三个层次的样本信息元数据质量评价模型。
  基于此评价模型,论文提出了人类遗传资源样本信息元数据质量评价的逻辑思路和指标体系的构建原则,通过专家调查法,确定了主要的评价维度和指标权重。并通过升发了基十评价体系的人类遗传资源样本信息元数据质量评价软件,实现了绝大部分指标自动化测评的目标,以满足海量样本信息评价需求,从而确保评价的客观性和准确性。
  最后随机选取1981条人类遗传资源样本信息为实证及测试对象,对其元数据质量进行综合评价。结果表明,质量评价体系具有较好的科学性、合理性,同时系统测试反馈出较好的可操作性和适用性,既能对单条数据进行评价打分,又能对不同单位进行横向比较,从而帮助管理者真正达到发现样本信息元数据质量的问题,提出改进意见;也有助于各数据拥有单位提高元数据填写能力,促进样本资源开放共享。
[博士论文] 刘伟
生物信息技术 华中科技大学 2017(学位年度)
摘要:生命体在不同发育时期和不同组织部位,所表达基因的种类和数量不同,从而导致细胞分化、个体发育及不同组织器官的不同结构和生理功能。转录因子(Transcription factor,TF)是这种在特定的时间和空间条件下,基因选择性表达的重要调控因子,它能结合到特定DNA序列上发挥基因转录调控作用。获得转录因子的靶基因是转录因子调控研究的基础,不同组织条件下的转录因子靶基因对该转录因子的调控研究也有重要参考意义。本项目中我们收集了人类转录因子的多种公共数据,采用改进的预测方法进行靶基因预测,综合考虑和分析了表观修饰状态对转录因子结合的影响,预测了相对可靠的人类转录因子靶基因,并构建了开源的人类转录因子靶基因数据库,同时分析了转录因子的细胞系特异性调控、转录因子间的协作调控和转录因子对lncRNA的调控等,取得了如下研究成果。
  第一、我们获得了较大规模的人类转录因子靶基因数据,并构建了相应数据库。我们使用了ChIP-Seq分析和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Sites,TFBS)扫描两种方法预测转录因子的靶基因。第一种方法是基于ChIP-Seq高通量测序的实验数据。首先,我们从ENCODE和NCBI等数据库收集了488个人类转录因子的3231组ChIP-Seq数据,预测该转录因子在基因组上的结合峰(Peak)。然后根据前1000个结合峰预测并过滤出至多5个可信的模体(Motif),再在所有结合峰中扫描可信模体获得转录因子的结合位点(TFBS),并根据TFBS与转录起始位点的距离,采用指数衰减的BETA模型量化转录因子对靶基因的调控能力,得到转录因子靶基因。最后,汇总每个转录因子在多个样本中的靶基因预测结果及考虑靶基因的表观修饰状态,进一步过滤得到转录因子整合的靶基因预测结果,转录因子靶基因的中位数是342。第二种方法使用转录因子已知的结合模体预测靶基因。我们从TRANSFAC、JASPAR、HOCOMOCO等转录因子数据库收集了699个转录因子的2737个模体的位置权重矩阵(Position Weight Matrix,PWM),通过扫描人类、小鼠、大鼠的基因组保守区域预测转录因子的潜在靶基因。基于上述结果,我们构建了人类转录因子靶基因的数据库hTFtarget(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget),方便用户查询和使用。用户可以通过多种查询方式方便地获取预测结果,包括查询转录因子靶基因和查询靶基因的转录因子,也可以进行联合查询、批量查询或者对预测结果进行筛选。
  第二、我们根据预测结果对转录因子的调控机理进行了探索。首先,我们探索了转录因子结合位点与表观修饰状态的关联,发现在多数情况下转录因子排序靠前的结合峰倾向于结合到活化的转录起始位点及其扩展区域附近,并且同一转录因子的多个样本或者同一家族的转录因子,它们的结合峰倾向于富集到相似的表观修饰状态。其次,我们分析了14个转录因子在10个不同细胞系中普遍性调控和特异性调控的靶基因,并根据这些靶基因功能富集的结果讨论了这些转录因子在一般状态下和特定组织中的功能。最后,我们使用机器学习的方法分析了各细胞系中转录因子间的协同作用,得到了伴侣因子对转录因子的相对重要系数(Relative Importance,RI),定量地描述了转录因子间协同作用的强弱。
  第三,我们分析了转录因子对lncRNA的调控作用,及SNP对转录因子结合的影响。首先,我们分析了转录因子对不同类型基因的调控情况,发现转录因子更倾向于调控蛋白编码基因和lncRNA基因。其次,我们预测得到了可能造成调控关系失效的9,815,083个SNP位点,其中231,558个SNP位于lncRNA基因的启动子区域,这些SNP位点可能导致转录因子对lncRNA调控的丢失。最后,我们将这些导致调控关系失效的SNP位点,与我们另一个收集整理lncRNA与SNP关系的数据库lncRNASNP中的lncRNA-SNP数据进行了比较,其中68,597个SNP位于lncRNASNP中。
  本研究采用系统的方法预测了人类转录因子的靶基因,构建了人类转录因子靶基因数据库,并探索研究了转录因子的特异调控、协同调控和对lncRNA的调控等,这些数据和研究为转录因子的基因表达调控研究提供了可靠的数据资源,并加深了对其调控机制的理解。
[硕士论文] 吴莉莉
临床检验诊断学 福建医科大学 2017(学位年度)
摘要:目的:
  研究福建厦门地区汉族群体15个STR基因座多态性参数,评估将AmpFLSTR IdentifilerTM检测体系应用于厦门汉族人群的法医学个体识别及亲子鉴定的可行性;收集国内其他省市人群的基因座频率数据,计算遗传距离进而构建系统发生树,研究之间遗传关系。
  方法:
  (1)应用 AmpFLSTR IdentifilerTM体系荧光标记复合扩增系统,随机选取400名福建厦门地区汉族无关个体为研究对象(来本实验室要求进行亲子鉴定和个体识别的三代以上无血缘关系的厦门汉族个体),以PCR复合扩增和毛细管电泳技术对15个常染色体STR基因座进行基因分型。应用Modified-powerstate软件进行 Hardy-Weinberg平衡检验,计算各 STR基因座等位基因频率、杂合度(Hets),个人识别力(DP)、多态性信息含量(PIC)、非父排除率(PE)、匹配概率(Pm)等法医学参数。根据已获得的厦门人群和期刊文中的其他民族人群(包括福建省内其他市和省外的)基因频率分布资料,应用 arlequin3.5.2.2版软件中的population compairisons功能模块分析比较各人群15个STR等位基因频率分布的差异性。
  (2)文献收集到共9个群体的9个法医学常用 STR位点的基因频率,用POPTREE统计软件包计算遗传距离,非加权平均法(UPGMA)法构建系统发生树,研究各民族、各人群间的遗传关系。
  结果:
  (1)15个 STR基因座的基因型分布均符合 Hardy— Weinberg平衡(P>0.05)。15个STR遗传标记均具有高度多态性,Hets介于0.580~0.868,Pm为O.036~0.148,PD为0.798~0.967,PIC为0.560~0.850,PE为0.268~0.730。除CSFIPO(0.886)、 D3S1358(0.874)、TH01(0.852)、TPOX(0.798)外DP均大于0.9,Hets均大于0.7,PIC均大于0.7。
  (2)15个基因座中:?D18S51、vWA、D21S11、D7S820、FGA、TH01、D13S317、D19S433这8个基因座在厦门与省内福州、龙岩、泉州基因频率分布比较中均有统计学意义(P<0.05);?在与外省的比较中,15个基因座有统计学差异(P<0.05),其中,基因座D2S1338、D21S11、vWA、D7S820、D13S317与外省群体均有统计学差异(P<0.05)。
  (3)用非加权平均法(UPGMA)法构建出系统发生树,可以看到广东汉族、厦门汉族首先聚合,然后与浙江宣城汉族、四川彝族、浙江舟山汉族、新疆哈萨克族、兰州回族分别聚合,继而与北京汉族聚合,接下来与甘肃东乡族相聚合。结论:
  (1)?各基因座在厦门汉族人群中具有较高的遗传多态性,基因多态性分布、基因型频率具有一定的差异,故IdentifilerTM体系15个STR基因座具有较高法医学个人识别和亲子鉴定运用价值;?IdentifilerTM检测系统的15个STR基因座并非完全适合福建厦门汉族群体,甚至中国群体的个体识别和三联体亲子鉴定的检测要求,由此,研究者有必要进一步寻求更具有地区的高鉴别能力的STR基因座。
  (2)?D18S51、vWA、D21S11、D7S820、FGA、TH01、D13S317、D19S433这8个基因座在厦门与福州、龙岩、泉州的遗传差异研究中有较大意义;?基因座D2S1338、D21S11、vWA、D7S820、D13S317可应用于厦门与福建省外的其他群体的遗传差异研究;?vWA、D21S11、D7S820、D13S317这4个基因座在厦门与福建省外、省内的遗传差异性的研究中具有较大的应用价值;④各民族群体遗传背景既有特殊性和独立性,也有相互交融性。
  (3)对国内9个群体构建系统进化树,发现福建省厦门汉族人群与广东汉族人群遗传距离较近;在不同区域、各民族之间差异较为明显。
[硕士论文] 徐凯凯
病理学与病理生理学 汕头大学 2015(学位年度)
摘要:目的:通过获取广东潮汕汉族人群与河南汉族人群线粒体DNA(Mitochondrial DNA,mtDNA)的两个高变区序列,分析其单倍型类群,丰富中国汉族人群线粒体DNA基因库。同时将潮汕人群与河南人群的mtDNA单倍群数据以及收集到的中国其他各民族人群mtDNA数据比较分析,从母系遗传的角度研究潮汕人群与中国其他人群之间的亲缘关系,并进一步探讨潮汕人群母系遗传结构。
  方法:对潮汕汉族人群256例无关个体和河南汉族人群208例无关个体进行高变区(hypervariable segment) I and II(HVS-I and HVS-II)序列分析和COII/tRNALys区段的9bp缺失检测,计算各种单倍群的频率。进一步收集中国其他人群的mtDNA高变一区和单倍群频率数据用于人群比较。用主成分分析、多维尺度分析、聚类分析以及Network网络图分析研究人群之间的母系亲缘关系;用分子方差分析研究中国人群的聚类与地理位置和语系划分之间的关系;用融合分析计算中原汉族和南方原住民人群对潮汕人群母系基因库的贡献率大小。
  结果:潮汕人群和河南人群单倍型多样度(h)分别为0.9992和0.9991,单核苷酸多样度(π)分别为0.01579和0.01446。在潮汕人群中,南方原住民的主要单倍群所占的比例(52.72%)比东亚北方人群的主要单倍群所占的比例(33.98%)要高,说明潮汕人群是一个基因融合人群且南方原住民人群在潮汕人群母系基因库中所占的比例要比东亚北方人群的高。由主成分分析、多维尺度分析和聚类分析的结果均显示潮汕人群与其他南方汉族人群聚类,且中国人群南北分界明显。从Network网络图中可以看到各语系人群几乎都分享了每一个中心单倍型,而后由此中心发生扩散,表明各大语系群体之间都存在一定的基因交流。融合分析表明潮汕人群的母系基因库中,中原汉族的贡献成分(MRH:0.4876;MBE:0.5185±0.2687)与南方原住民的贡献成分(MRH:0.5124;MBE:0.4815±0.2687)基本相等。分子方差分析结果表明尽管地理分组与语系分组的Fct统计值均有显著性差异(P<0.05),但中国人群mtDNA的分化程度在地理组间(1.24%;Fct=0.01236,P<0.01)明显的大于在语系组间(0.55%;Fct=0.00553,P<0.01)。
  结论:线粒体DNA高变区在潮汕人群和河南人群中都具有高度遗传多态性;潮汕人群具有南方汉族人群的遗传特征;潮汕人群是一个融合人群,其母系遗传成分源于中原汉族和南方原住民;中国南北人群之间存在遗传差异;中国人群的母系遗传结构与其地理位置的相关性比与其语系分类的相关性更强。
[硕士论文] 宋娇娇
生物学;生物化学与分子生物学 安徽大学 2015(学位年度)
摘要:人类移居高海拔地区一直是人类进化遗传学研究的热点。位于中亚地区的帕米尔高原(Pamirs),是喜马拉雅山脉、兴都库什山脉、天山山脉、喀喇昆仑山脉和昆仑山脉汇集形成的山结,平均海拔约2500-4000米,是著名的高原之一。帕米尔高原恶劣的生存环境(例如:低氧,低温,强紫外线)使得人类定居该地区面临着重大的挑战。由于采样困难等因素制约,该地区人群起源和迁移历史的研究基本处于空白。近20年来,线粒体DNA(mitochondrial DNA; mtDNA)成为研究中亚地区人群历史的重要分子标记。相关工作大大的促进了人们对该地区人群遗传多样性分布格局和群体历史的了解。但是绝大多数工作局限于mtDNA的某个片段(控制区或部分编码区),这些片段中有限的序列遗传信息并不能提供高分辨率的mtDNA谱系(Lineage)。一些研究中仅选取部分样本进行mtDNA基因组全序列测定。样本选择偏差使得相关数据并不适合开展群体历史的分析。
  本研究运用基于Ion Torrent PGM平台的二代测序方法对帕米尔高原及其周围地区的8个群体共计382份样本进行了mtDNA全序列测定,并开展了一系列群体遗传学分析。并揭示帕米尔高原人群族源迁移历史。mtDNA的遗传多样度分析表明中亚人群的遗传多样性指数与南亚人群(巴基斯坦旁遮普人群)和西亚人群(伊朗的卡什加人群和波斯人群)很相似。依据PhyloTree(Version17),我们对所有的382份样本进行单倍型类群(haplogroup)划分。所有样本均能划分到典型的欧亚东部和欧亚西部单倍型类群下。没有发现位于M,N,R单倍型超类群(macrohaplogroup)基部的支系。这个结果表明中亚人群中没有检出现代人早期迁移遗留下的遗传信号;这提示中亚地区可能不是现代人早期迁移的主要路线。基于单倍型类群分布频率的主成分分析结果提示欧亚东部人群对讲突厥语的柯尔克孜族群体遗传贡献较大而讲印欧语的塔吉克族群体与欧亚西部人群遗传关系较近。然后,我们对群体mtDNA支系溯祖时间(coalescent time)进行了统计分析发现溯祖时间的分布存在一定的模式,所有的单倍型类群时间小于40kya,比人类第一次到达东亚的时间晚,由此推测中亚人群主要是由欧亚东部和欧亚西部人群混合而成的。96.07%的mtDNA支系的溯祖时间小于19kya(thousandyears ago),也就是说人类移居帕米尔主要发生在末次盛冰期(LGM)之后。而在1-10kya,10kya-19kya时间段内单倍型类群包含样本量的所占的比例分别是73.56%,22.51%。所以人类大量移居帕米尔集中发生在全新世(~10kya)以后。最后,我们对帕米尔人群进行了选择压力检测,发现除帕米尔人群基因COX2 N/S值(同义突变与非同义突变的之比)较低外三个人群之间无论是单个基因还是整个的mtDNA序列基因N/S值都不存在明显的差异性。表明帕米尔高原人群mtDNA世系没有经历达尔文正选择或是选择压力放松的作用。
[博士论文] 张迪
遗传学 北京协和医学院;中国医学科学院;清华大学医学部;北京协和医学院中国医学科学院 2015(学位年度)
摘要:遗传学研究和知识的应用在促进人类健康方面发挥着至关重要的作用。产前诊断、产前筛查、移植前基因诊断等生殖遗传学技术的应用有助于个体和家庭生育决策的制定。然而,这些知识和技术的运用也引发了人们对20世纪前半叶优生学运动可能复活的担忧。彼时的优生学运动被视为人类首次运用遗传学知识对自身后代进行大规模干预的尝试,但最终却以剥夺个体自由、种族歧视、和纳粹的暴行收场。当下人们运用遗传学知识对人类生殖的干预则被视为第二次尝试,如何避免历史上优生学错误的再次出现已成为当下生殖遗传学技术应用的关注焦点。
  人们对优生学的担忧并非毫无根据。我国现有法律法规中仍存在历史上优生学的痕迹,体现在对婚姻与生育的捆绑、非自愿绝育和人工流产、对残疾人的歧视等诸多方面。尽管这些法律法规的目的——促进未来后代的健康,能够得到伦理学辩护,但其缺乏应有的程序公正。此外,由于国内缺乏对优生学中伦理问题的梳理和分析,且存在不少对于优生学的错误理解,阻碍了人们对生殖遗传学技术应用中伦理问题的探究,也间接影响到遗传学研究和技术的应用。本文从生命伦理学视角出发,深入分析优生学中的伦理问题,试图澄清优生学这一概念,并通过构建具有针对性的伦理学评价框架,为确保遗传学在促进人类福祉中发挥重要的作用进行尝试。
  本文在对中西方优生学历史进行详细梳理的基础之上,对历史上的优生学进行伦理反思,并指出优生学概念的核心,即使用遗传学知识提升人类质量。这一概念不单是对历史及当下优生学的概括,同时也有利于人们对优生学之探讨。在对我国现有法律法规及高等教育教材中优生学思想的梳理及现有生殖遗传学技术应用的基础上,归纳了法律法规与技术应用中所面临的伦理难题,并通过对主要伦理学理论的梳理及历史的经验,提出评价优生学问题的伦理学框架:受益、不伤害、自主性、公正、公众参与、学术自由与责任。
  本文依次从生殖自由、公正、歧视等三方面,对优生学和生殖遗传学技术的应用进行伦理分析:首先明确生殖自由在个体生殖决策及公共卫生干预中的重要性,并通过引入伤害原则及确保后代开放未来的权利这两个原则明确父母在生育中的义务;其次,明确生殖遗传学技术对后代健康的重要性,提出确保个体生殖自由和后代健康福祉的必要条件为医疗卫生的公正分配,并指出公共卫生中此类技术的应用并不必然会引发历史上优生学的复活;最后,针对残疾人权利保护者对生殖遗传学技术应用的批判进行针对性的反驳,明确此类技术应用的目的在于促进后代的健康与福祉,并非是对残疾人的歧视,同时从公正原则出发指出社会整体应当给予残疾人必要的支持。
  本文在对以上伦理问题分析的基础之上,提出具有针对性的政策建议:第一,明确优生学在中英文语境下的含义,指出“优生学”一词的使用必须谨慎;第二,建议对我国现有法律法规中出现的婚姻与生育捆绑、强制绝育与人工流产、残疾人歧视等相关条目进行修改,加强专业人员及公众在政策制定中的参与度;第三,针对我国当下生命伦理学和遗传学教材中的问题提出修改建议,并建议加强对教材的审批,以确保这些教材在人才培养中发挥其应有之作用。
  本研究通过生命伦理学视角对优生学和生殖遗传学技术应用中的现实问题进行剖析,希望以此促进遗传学、伦理学、社会学、法学等多学科之间的合作,促进相关卫生政策的修改与制定,避免历史上优生学错误的再次出现。此伦理学维度之分析,还有助于人们在尊重生殖自由、公正的前提下,充分发挥遗传学技术在生殖领域中的作用,并促进个体和群体的健康与福祉。
[硕士论文] 张占军
遗传学 内蒙古科技大学 2014(学位年度)
摘要:密码子偏性及其聚类分析在可变剪接研究中具有重要意义。本研究计算了人类组成型外显子和可变外显子的RSCU值(密码子使用的相对概率),并对两种外显子的RSCU值进行了比较,结果发现除了UAG、UGA、UAA三个终止密码子,两种外显子的每个密码子偏性是相同的。同时挑选了组成型外显子序列30条,可变外显子序列30条,计算了这60条序列的RSCU值。然后进行聚类分析,两种外显子不能被区别开,证明两种外显子的密码子偏性是相同的。这个结果和我们直接比较两种外显子的RSCU值的结果一致。接着我们又计算了这60条序列的HI(非均匀指数),并用 HI进行了聚类分析。组成型外显子和可变外显子亦不能被区分开。可以得出结论利用 RSCU值和 HI值不能区分组成型外显子和可变外显子。可以推断在序列中,基本没有组成型剪接和可变剪接信息。
  计算组成型外显子和可变外显子的信息冗余参数(D1和D2)显示,组成型外显子和可变外显子的平均值和标准偏差基本没有差别。类似地,五类可变外显子的D1和 D2的平均值和标准偏差基本没有差别。其中内含子保留的的D1和 D2平均值与其它几类外显子的D1和 D2的平均值差别较大,体现了内含子保留既是内含子又是外显子的序列特殊性。
  在各类外显子上游截取150bp,下游截取150bp,计算多样性增量 ID,同时把各类外显子分别截取成两种变体计算 ID,发现两种计算方法的组成型外显子和可变外显子的ID平均值及标准偏差平均值基本没有差别。除内含子保留外剩余四类可变外显子的ID平均值及标准偏差基本没有差别。内含子保留的ID平均值及标准偏差与其它几类外显子的ID平均值及标准偏差差别较大。
[硕士论文] 袁德健
遗传学 中南大学 2013(学位年度)
摘要:现有的数据表明:核酸多态性由自然选择保持在一个理想的状态。据此用千人基因组和其他一些已经发表的数据来对人类历史进行溯源。并且,研究发现人类的快变基因中有着大量的共有SNP,并且只有慢变基因中的非同义突变SNP位点(non-synonymous)才能准确、特异地研究各地区人种的生物多样性。与此同时,非洲人和其他人种分开时间应该在2.03百万年(Myr)前,第一个走出非洲的人距今应该有1.82Myr历史。研究还发现,丹尼索瓦人(Denisovans)和尼安德特人(Neanderthals)是桑人(San)和伊利比亚人(Iberians)的后代。并且,进一步的阐述了芬兰人、墨西哥人和“冰人奥茨”(Tyrolean Iceman)的来源。该研究从独有的观点阐述了现代人复杂的多地区起源。
  
[硕士论文] 任凌雁
生物化学与分子生物学 贵阳医学院 2013(学位年度)
摘要:目的:通过对贵州仡佬族、回族、满族、毛南族、蒙古族、仫佬族、羌族、畲族、壮族的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)编码区663A/G、3394T/C、4715A/G、4833A/G、5178C/A、5417G/A、9824T/C、10310G/A、10400C/T、12406G/A、13263A/G等11个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和细胞色素氧化酶Ⅱ与tRNALys基因之间的小非编码V区串联重复序列9 bp缺失多态位点的研究,从母系遗传角度探讨9个民族群体的遗传特点及相关族群信息。
  方法:采用聚合酶链反应-聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polymerase chain reaction and polyacrylamide gel electrophoresis,PCR-PAGE)技术分析mtDNA9bp缺失多态性,用限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析mtDNA10400位点多态,用微测序技术(mini-sequeneing)分析mtDNA编码区663A/G、3394T/C、4715A/G、4833A/G、5178C/A、5417G/A、9824 T/C、10310G/A、12406G/A、13263A/G10个多态位点,最后采用聚合酶链反应-DNA序列分析法(PCR-DNA sequencing)验证上述位点的不同多态类型。
  结果:(1)在9个世居少数民族人群中发现mtDNA9bp有两种多态类型:标准型和缺失性,468例男性样本中仡佬族、仫佬族、毛南族、畲族、壮族、羌族、满族、回族、蒙古族等人群的缺失频率分别为:25%、15.38%、11.54%、28.5%、19.23%、9.62%、5.77%、5.77%、9.62%,mtDNA9bp缺失在9个民族人群间的差异具有统计学意义。
  (2)468例男性标本mtDNA11个SNP位点以及9bp缺失等12个多态位点组成的单倍型(haplotype)共49种。9个民族总单倍型频率较高的是:H1(20.29%)、H9(19.45%)、H10(18.59%)、H22(8.12%),9个民族同时检出的单倍型有5种,其中单倍型 H1、H10在这9个民族间的分布差异有统计学意义;部分民族群体间在单倍型H22的分布频率差异具有统计学意义。
  (3)本次研究的贵州9个世居少数民族 mtDNA12个多态位点共发现12个单倍群,B和D为9个民族主要单倍群,具有中等频率的单倍群为F1、M7、R9,单倍群 M9频率最低,仅有0.64%,未发现 N9单倍群。单倍群 B、G、R9在9个民族群体间分布差异达到统计学水平。
  (4)主成分和聚类分析显示壮侗语系的毛南族、仫佬族、壮族人群遗传距离较接近,而仡佬族与北方的汉族人群遗传距离较接近;苗瑶语系的畲族与云南汉族人群的遗传距离较接近;具有北方民族谱系的贵州满族、回族、羌族、蒙古族人群的遗传结构有较大的相似。
  结论:(1)贵州9个世居少数民族mtDNA数据分析显示,同属壮侗语系的毛南族、仫佬族、壮族人群母系遗传结构相似,具有较明显的南方民族的特征;而仡佬族人群的母系遗传结构与上述3个民族有一定的差异,其具有南方民族特征的同时携带有北方民族的遗传特征。畲族受南方汉族的影响较大,其母系遗传结构还需要进一步研究。虽属不同语系,但是具有北方民族谱系的回族、满族、蒙古族、羌族均受居住地其他民族的影响,其母系遗传结构已兼有南北方群体的遗传特征。
  (2)贵州世居的仡佬族、回族、满族、毛南族、仫佬族、蒙古族、畲族、羌族、壮族mtDNA9 bp缺失频率符合国内民族群体9 bp缺失频率总体上呈东南方比西北方高的趋势,并且与当前中华民族南方起源的观点较吻合。
[硕士论文] 李新颖
遗传学 安徽医科大学 2013(学位年度)
摘要:第一部分金属硫蛋白MT基因的质粒构建和在细胞中的过表达分析
  目的:为研究MT基因的生物学功能,构建带FLAG标签的真核表达载体,将MT2A质粒瞬时转染至COS7细胞,观察表达的蛋白在细胞内的定位;将MT2A与CLIC1质粒共同瞬时转染至COS7细胞,观察两种蛋白在细胞内的共定位情况;将质粒分别转染至HEK293T细胞,用免疫共沉淀实验检测MT2A蛋白与CLIC1蛋白在哺乳动物细胞内的相互作用情况。构建pGEX-3X-MT2A原核表达载体,将质粒转化至BL21菌株中,IPTG诱导GST-MT2A的表达,进行GST pull-down实验检测MT2A蛋白与CLIC1蛋白在体外的相互作用。
  方法:用PCR方法,以含人MT全长cDNA序列的质粒为模板,扩增MT全长序列,酶切回收目的片段,插入到载体pGADT7、pCDNA3.1上,构建酵母表达载体pGADT7-MT,真核表达载体pCDNA3.1-MT-His6、pCDNA3.1-MT-FLAG。以同样方法构建原核表达载体pGEX-3X-MT。重组质粒经酶切鉴定正确的送测序公司测序。
  分别将pCDNA3.1-MT2A-FLAG质粒瞬时转染至COS7细胞,在荧光显微镜下观察MT2A蛋白的细胞定位;pCDNA3.1-MT2A-FLAG与pCDGFP-CLIC1共同转染至COS7细胞,荧光显微镜下观察两种蛋白在细胞内的共定位;将两组质粒共同瞬时转染至HEK293T细胞,通过免疫共沉淀实验检测MT2A蛋白与CLIC1蛋白在哺乳动物细胞内的相互作用。构建表达载体pGEX-3X-MT2A,转化大肠杆菌BL21,表达融合蛋白GST-MT2A,进行GST pull-down实验,检测MT2A蛋白与CLIC1蛋白在体外的相互作用。
  结果:酶切和测序图谱证明各载体均构建正确。在荧光显微镜下观察到,在COS7细胞中,MT2A蛋白主要分布在细胞质中。共定位实验观察到MT2A蛋白与CLIC1蛋白无明显共定位。免疫共沉淀实验表明,在HEK293T细胞中,MT2A蛋白与CLIC1蛋白在细胞内不存在相互作用。GST pull-down实验表明MT2A蛋白和CLIC1蛋白在体外无相互结合。
  结论:在COS7细胞中,MT2A蛋白与CLIC1蛋白无明显共定位;免疫共沉淀实验证明在HEK293T细胞中,MT2A与CLIC1蛋白不存在相互作用;GSTpull-down实验表明MT2A蛋白和CLIC1蛋白在体外无相互结合。
  第二部分肌营养不良蛋白聚糖DG与Sedlin相互作用的初步研究
  目的:为研究DG蛋白与Sedlin的相互作用,构建带FLAG标签的DAG1真核表达载体,将质粒瞬时转染至COS7细胞,观察表达的蛋白在细胞内的定位;将DAG1与Sedlin质粒共同转染至COS7细胞,观察两种蛋白在细胞内的共定位情况。
  方法:用PCR方法,以含人DAG1全长cDNA序列的质粒为模板,扩增DAG1全长序列,酶切回收目的片段,插入到载体pCDNA3.1上,构建真核表达载体pCDNA3.1-DAG1-FLAG。将pCDNA3.1-DAG1-FLAG质粒瞬时转染至COS7细胞,在荧光显微镜下观察DG蛋白的细胞定位。pCDNA3.1-DAG1-FLAG与pCDGFP-Sedlin共同转染至COS7细胞,荧光显微镜下观察两种蛋白在细胞内的共定位。
  结果:酶切和测序图谱证明载体构建正确。在荧光显微镜下观察到,在COS7细胞中,DG蛋白在细胞质和细胞核内均有分布,尤其在细胞膜上分布更集中。与Sedlin真核表达载体共同转染入COS7细胞后,DG蛋白在细胞中的分布出现向细胞核附近集中的趋势。
  结论:在COS7细胞中,DG蛋白在细胞质和细胞核内均有分布,尤其在细胞膜上分布更集中。与Sedlin真核表达载体共同转染入COS7细胞后,DG蛋白在细胞中的分布出现向细胞核附近集中的趋势。
[硕士论文] 胡竞
生物学;生物信息科学与技术 福建农林大学 2013(学位年度)
摘要:人类基因组测序工作初步结果显示,人类基因数量不是之前预计的8至10万个,而只有大约3.5万个,活细胞使用这些基因来产生更有活力且更加充裕的指示源。可变剪接现象是活细胞具有惊人多样性的很好解释,因此发展生物信息学方法进行可变剪接研究显得尤为重要。
  本文通过分析现有的一些特征选择方法,发现其存在的特征选择单方向、不适用于高维特征数据、容易出现错漏选、缺乏的有效补充机制等问题。针对这些问题,提出了改进的基于重复-动态博弈的可变剪接预测模型,它实际上是一种filter和wrapper结合的特征选择模型。该模型利用了动态博弈和重复博弈的思想,使用模糊聚类法提取博弈模型的参与人,将自上而下和自下而上相结合,并根据模型特点,选择了具有高效率且比较依赖特征选择的朴素贝叶斯作为分类器。
  经过对比多种现有的分类方法和特征选择方法,本文得出以下结论:对于本研究所使用的可变剪接数据,对比其他一些方法,基于重复-动态博弈的可变剪接预测模型具有最高的分类准确率;在特征选择方面,重复-动态博弈特征选择耗时最短、使用的分类次数最少、特征选择机制更加优秀。根据重复-动态博弈预测模型训练出的预测器,只要给定组织类型以及可变外显子的特征向量,即可预测出可变外显子在该组织中的可变剪接结果。
[硕士论文] 辛友盼
免疫学 北京协和医学院;中国医学科学院;清华大学医学部;北京协和医学院中国医学科学院 2013(学位年度)
摘要:目的:分析中国西藏藏族供血人群ABO血型表型、基因型和等位基因分布情况,了解其ABO血型分子遗传背景;分析四川凉山地区彝族八个血型基因型和等位基因分布情况,了解该人群ABO、Duffy等八个血型的分子遗传背景。
   方法:从西藏拉萨血液中心采集的403例藏族随机样本和从四川凉山疾控中心收集的120例无血缘关系的样本,提取DNA后,扩增ABO基因包含第6、7外显子、部分第5内含子、第6内含子和部分3'-UTR基因片段在内的共计2488bp的片段,对产物纯化并进行直接测序,测序结果用软件比对分析后确定其基因型:部分不常见基因型的样本进行克隆测序,分离单倍体后确定其基因型。对于120例无血缘关系的彝族样本的duffy等其他七个血型系统,在提取DNA后,利用PCR-SSP做基因检测分型,确定其基因型。
   结果:第一部分:403例西藏藏族人群ABO血型表型分布情况:A型为69例,占17.1%;B型为160例,占39.7%;O型为150例,占37.3%; AB型为24例,占6.0%。表型分布中B型最多,其次为O型、A型,AB型最少。403例样本中402例样本基因型与表型相符,一例样本基因型与表型不符,其表型为B型,基因型为CisAB06/O01。西藏藏族人群中共检测到29种基因型,频率大于1%的基因型为13种。403例样本中共发现17种ABO等位基因,频率大于1%的等位基因为B101、001、002、A105、A102,频率小于1%的A基因有2种:A101,Ax02;O基因9种:O04、O05、O07、O11、O26、O56、O61、Ox1、Ox2以及Ox3(后三种是首次发现,正在提交Genbank中);以及一个罕见等位基因CisAB06。实验结果显示人群中最常见的等位基因是O01(38.09%),其次是B101(27.42%),再次是O02(21.09%),A基因中A105在西藏藏族人群中较为常见,频率稍大于A102(6.33%>5.08%),A101仅发现2例,在该人群的分布频率为0.25%。
   第二部分:120例四川凉山彝族无血缘关系标本中,共检测出5种常见ABO等位基因:A101[0.0208(5/240)]、A102[0.1666(40/240)]、B101[0.2458(59/240)]、O01[0.3042(73/240)]和O02[0.2625(63/240)]。其他7个血型的基因频率依次为M=0.6833(164/240)、N=0.3167(76/240)、S=0.0917(22/240)和s=0.9083(218/240);Lua=0(0/240)、Lub=1(240/240);Fya=0.9458(227/240)、Fyb=0.0292(7/240)、FyES=0.0250(6/240);Jka=0.5250(126/240)、Jkb=0.4750(114/240);Dia=0.0167(4/240)、Dib=0.9833(236/240);Doa=0.1208(29/240)、Dob=0.8792(211/240);Coa=1(240/240)、Cob=0(0/240)(经x2检验,均符合Hardy-Weinberg平衡)。
   结论:本课题第一部分获取了西藏藏族供血人群ABO血型表型和基因型分布情况,并获得该人群的ABO等位基因多态性数据。研究发现西藏藏族供血人群ABO血型等位基因分布情况如下:A等位基因为11.79%,B等位基因为27.54%,O等位基因为60.67%。ABO等位基因在西藏藏族人群中的分布情况和其在中国其他人群中的分布具有明显的差异,和其在印度藏族中的分布比较接近。本研究中共发现17种ABO等位基因,其中包括7个已发现的罕见等位基因和三个新发现的等位基因。
   第二部分揭示了四川凉山地区彝族人的红细胞血型系统具有一定的分子遗传学特征:M等位基因频率>0.6,Dia等位基因频率<0.05,这均符合中国南方人的血型分布特点;A等位基因频率偏低,FYES等位基因存在一定的分布,Jka> Jkb,Doa与汉族相比频率稍微偏高,显示出该民族一定的特异性;Lutheran和Colton血型系统基因频率不具有多态性。
[博士论文] 贺军栋
遗传学 中国科学技术大学 2012(学位年度)
摘要:众多研究表明文化在人类的进化过程中起到了非常重要的作用,同时在人类基因组上留下了诸多印记。本文就从语言(南岛语系)和饮食(乳制品)两个例子出发,探讨文化与遗传的关系。南岛语系的起源和扩散一直是人类学研究的热点,我们的第一个工作就是从父系遗传视角探讨南岛语系人群在大陆东南亚的扩张问题。伴随着新石器革命,人类的饮食结构出现巨大变化。为消化乳制品中的乳糖,部分人群中出现了一个特别的表型——乳糖耐受。乳糖酶持续表达是乳糖耐受的主要原因。我们的第二个工作是关于西藏藏族人群乳糖耐受的遗传基础研究。
   相比在岛屿东南亚的广泛分布,南岛语系在大陆东南亚地区的分布十分有限,其中最主要分布在占族人群中。重建占族人群的历史可以有助于理解南岛语系在大陆东南亚的扩张。我们对177份不相关个体(59个占族、76个京族、25个老挝人和17个泰国人)样本的Y染色体遗传标记(Y-SNP和Y-STR)进行了分析。结合之前发表的线粒体DNA数据,结果表明占族人群是典型的东南亚人群,占族人群的起源是来自岛屿东南亚的南岛语系人群和来自大陆东南亚本地人群之间遗传混合的结果。与线粒体DNA的结果不同,我们在占族人群Y染色体中发现了南亚常见单倍型类群R-M17和R-M124。该结果提示在宗教传播和贸易往来过程中,男性主导的扩散对占族人群父系遗传库的形成起到重要作用。
   在藏族的日常生活中,乳制品的消费非常普遍。虽然有证据表明藏族人群乳糖酶表达水平比汉族人群的高,但是关于藏族人群的乳糖耐受遗传基础我们还不清楚。我们在495个藏族个体样本中,筛查了之前报道的5个位点(-13907C/G、-13910C/T、-13915T/G、-14010G/C和-22018G/A),这些位点与西藏周边人群的乳糖耐受相关。结果显示,在4个位点(-13907C/G、-13910C/T、-13915T/G和-14010G/C)中完全没有发现乳糖耐受等位基因,-22018G/A位点只在一个那曲个体中存在杂合性的突变。这些结果表明藏族人群的乳糖耐受可能有自己独特的起源。另外,我们发现了3个新的突变位点(-13838G/A:6.6%、-13906T/A:0.6%和-13908C/T:0.1%)。结合前人研究的证据,我们推测-13838G/A位点可能在藏族人群的乳糖耐受中起作用。不过需要更多的工作来证实,比如全面的基因型-表型相关分析及功能实验。
[硕士论文] 许淼
法医学 河北医科大学 2012(学位年度)
摘要:目的:短串联重复序列(short tandom repeats,STR)是目前法医学亲子鉴定与个体识别的主流遗传标记。X染色体STR遗传标记因其独特的遗传方式和结构特征,在一些特殊的或者复杂的亲权鉴定案件中具有常染色体STR或Y染色体STR遗传标记所无可比拟的优势。但目前X-STR在法医学中的应用尚不成熟,仅有2010年推出的商品化试剂盒,即Qiagen公司生产的Investigator Argus X-12试剂盒,包括分布于X染色体4个连锁群中的12个X染色体STR基因座。然而,这些基因座在不同人群的基因频率分布存在差异,其中某些基因座在中国汉族人群的多态性程度不高,并且,该试剂盒的系统效能也有待进一步提高。因此,本研究拟筛选更多X-STR基因座,对中国北方汉族人群进行群体遗传学调查,筛选出在中国汉族人群中具有高度多态性的基因座,为研发X染色体STR分型试剂盒提供基础数据。
  方法:
  1基因座的筛选:登录NCBI网站和UCSC网站,根据筛选条件,选出符合条件的X-STR基因座作为研究对象。筛选条件:无相关法医学报道;重复单位为四核苷酸的基因座;基因座扩增产物片段分布在100-400bp之间;不同基因座引物之间特别是3’端不出现互补序列;扩增条件相近。据此,本研究选出17个X-STR基因座作为研究对象,采用PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳银染的方法,对该17个X-STR基因座在中国河北汉族群体(40个无关健康个体)的遗传多态性进行初步调查,选出其中多态性较好的7个基因座,进行详细研究。
  2复合分型体系的构建:对筛选出的7个多态性较好的X-STR基因座,应用荧光STR分型技术构建两个复合扩增体系,对扩增体系中的引物浓度、Mg2+浓度、退火温度及循环次数进行优化。采用AB3130基因分析仪对PCR产物进行检测;使用Genemapper3.2软件分析结果;根据国际法医遗传学会(international society of forensic genetics,ISFG)推荐的命名原则对各等位基因进行命名。对每个等位基因进行测序验证,分析重复序列的结构。
  3群体遗传学调查:应用上述两个复合分型体系对中国北方汉族群体364名健康无关个体(男性200名、女性164名)进行群体遗传学调查,获得7个X-STR基因座的等位基因分布频率,应用Χ2拟合优度检验对各基因座进行Hardy-Weinberg平衡检验,使用Arlequin software version3.1软件对各基因座等位基因频率、连锁不平衡分析进行计算。
  4法医学应用评估:对上述7个X-STR基因座荧光分型体系进行种属特异性及可重复性研究,并评估其在亲缘关系鉴定中的应用价值。
  结果:
  1复合分型体系的构建:对初筛的7各基因座DXS1268、GATA83F09、GGAT4802、GATA42D03、GATA22E12、GATA130D02、DXS2498的引物进行荧光标记。其中基因座DXS1268、GATA83F09、GGAT4802、GATA42D03、GATA22E12上游引物5’端标记FAM荧光,基因座GATA130D02、DXS2498上游引物5’端标记HEX荧光。以此构建2个复合扩增体系,体系1中包括基因座DXS1268、GGAT4802、GATA42D03、GATA22E12,体系2中包括基因座GATA83F09、GATA130D02、DXS2498。两个扩增体系经优化反应条件后,得到的等位基因峰图峰型尖锐、对称。
  2群体遗传学调查结果:对164例北方汉族无关健康女性个体的调查结果显示,DXS2168基因座检测到5个等位基因和11种基因型;GATA42D03基因座检测到6个等位基因和10种基因型;GATA22E12基因座检测到4个等位基因和10种基因型;GATA83F09基因座检测到8个等位基因和20种基因型;GGAT4802基因座检测到4个等位基因和9种基因型;GATA133D02基因座检测到5个等位基因和12种基因型;DXS2498基因座检测到4个等位基因和6种基因型。对200例男性无关个体的调查结果显示,DXS1268基因座检测到6个等位基因;GATA42D03基因座检测到6个等位基因;GATA22E12基因座检测到4个等位基因;GATA83F09基因座检测到6个等位基因;GGAT4802基因座检测到5个等位基因;GATA133D02基因座检测到5个等位基因;DXS2498基因座检测到3个等位基因。X2拟合优度检验的结果显示,除基因座DXS2498外(P<0.05),其余6个基因座均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),因此,本实验对基因座DXS2498的研究不再涉及。X2检验结果显示各基因座在男性与女性样本中等位基因频率分布均无显著差异(P>0.05),故将男性与女性样本的频率合并后计算遗传学参数,DXS1268、GATA42D03、GATA22E12、GATA83F09、GGAT4B02、GATA130D02的杂合度观察值(Ho)依次为:0.6118、0.4809、0.6221、0.7129、0.3160、0.6044;多态信息含量(PIC)依次为:0.5362、0.4422、0.5610、0.6654、0.2940、0.5377;女性个体识别率(PDfemale)依次为:0.7737、0.6918、0.7961、0.8701、0.5101、0.7769;男性个体识别率(PDmale)依次为:0.6118、0.4809、0.6221、0.7129、0.3160、0.6044;三联体平均排除概率(MECKishida)依次为:0.5362、0.4421、0.5610、0.6654、0.2904、0.5365;二联体平均排除概率(MECDesmarais Duo)依次为:0.3922、0.2295、0.4141、0.5237、0.1792、0.3929。根据上述结果,以PIC>0.5为标准,筛选出4个具有高度多态性的基因座:DXS1268、GATA22E12、GATA83F09、GATA130D02。
  3法医学应用评估:上述构建的两个复合分型体系,7个基因座在猪、鼠、羊、牛、兔等常见动物中均未发现特异性分型,具有较好的种属特异性;应用10例明确父女关系的案例进行验证评估,女儿均可稳定地获得父亲X染色体的等位基因,表明该7个基因座具有较好的遗传稳定性。
  结论:本研究获得了7个X-STR基因座的群体遗传学参数,从中优选出4个具有高度多态性的基因座DXS1268、GATA22E12、GATA83F09、GATA130D02,为研发X-STR试剂盒提供了基础数据。
[硕士论文] 高蕊
遗传学 厦门大学 2012(学位年度)
摘要:Wnt基因家族编码一类分泌性的信号因子,它们在很多物种中都高度保守。Wnt信号通路参与了多种生物学过程的调控,包括胚胎的生长和形态发育、组织的稳定、能量代谢的平衡以及干细胞的维持等。而且,Wnt通路的失调与很多人类重大疾病有着密切的联系。Pax蛋白是一类非常保守的转录因子,它们在机体发育和疾病中有着重要的作用。Pax1的表达受到多种信号分子的调控,同时Pax1也参与一些信号通路的传导。但是,Pax1和Wnt信号通路的关系目前尚不完全清楚。
   在本论文中,我们利用原位杂交技术在斑马鱼胚胎中过表达和基因沉默pax1的情况下检测了Wnt靶向基因的表达水平。结果发现,基因沉默pax1之后Wnt信号增强,反之减弱。为了进一步证实Pax1抑制Wnt信号,我们又在HEK293FT细胞中通过荧光素酶报告基因实验验证了这一结论。为了寻找Pax1参与调控Wnt信号通路的机制,我们进一步用免疫共沉淀的方法做了Pax1和Wnt信号通路中的一些成员的相互作用,结果发现Pax1和TCF4存在相互作用。同时,我们发现了Pax1和另一个参与Wnt信号通路的蛋白家族FOXO之间存在相互作用。
   总之,我们在本研究中首次发现Pax1对Wnt信号通路的影响,并对其作用机制做了初步的探索,为Wnt信号通路的研究提供了一种新思路。
[博士论文] 陆艳
遗传学 复旦大学 2011(学位年度)
摘要:中国是一个多民族的国家,东部地区的人口以汉族为主,但是西部地区人口的民族来源和组成则极其复杂。来自于欧亚大陆各区域的人群在这里融合,形成现代的各个民族群体。理清这些复杂的族群来源脉络,是了解人群起源、民族产生及融合历史的前提,也有助于增进族群的相互理解,促进民族和谐。相关的研究不但需要历史学的探索,还需要借助人类遗传学的分析。
   随着分子生物学技术的发展,各类遗传标记系统被成功应用于人类群体的研究。本文运用Y染色体和常染色体遗传标记对中国西部群体的2909例个体进行了遗传分析。这些样本包括西北的新疆、青海、宁夏和西南的西藏的9个民族及其他人群。
   中国西北地区1514例男性远缘个体样本的Y染色体研究显示,四大类东南亚起源的单倍群C、D、O、N的频率占该地区群体所有Y染色体单倍群频率的64.36%,其它Y染色体单倍群的比例为35.64%。这种南方类群占多数的现象在东亚其他群体中更显著,说明现代人走出非洲进入东亚,走南部迁徙路线的Y染色体特征谱系占主体地位。中亚、西亚起源的单倍群E、F、G、H、I、J在西北地区人群中的分布反映了该地区的群体与西部欧亚大陆的基因交流历史,并且西方特征谱系的频率自西向东呈现递减的梯度。中国西部地区群体内部各族群在主成分图上彼此分散的状态体现了阿尔泰语系人群的遗传非同源性。
   中国西部的喜马拉雅山脉东麓,在地理位置上靠近早期人类进入东亚的入口,研究该地区群体的遗传结构,对整个东亚地区现代人的起源问题至为重要。分布在喜马拉雅东部山区主要人群是珞巴族和僜人,属于汉藏群体,而关于这两个群体的遗传学研究开展得很少。本文分析了珞巴族和僜人这两个群体的Y染色体多样性。珞巴群体中出现的Y染色体单倍群主要有D、N、O、J、Q和R,显示了其族群本源之外来自藏族(D)以及欧亚大陆西部(J、R)和北部(Q)的基因交流。而僜人的Y染色体单倍群主要有C、D、N和O,与大多数东部的汉藏群体相类似。汉藏群体的主要Y染色体单倍群是O3。基于O3的STR多样性的聚类分析结果显示,珞巴族在遗传上与藏族较为接近,僜人则更接近于汉藏族群的源头羌族。平均基因多样性分析结果也显示羌族的多样性在整个汉藏群体中是最高的,支持羌族是整个汉藏语系中最古老群体的观点。喜马拉雅东麓群体的多样性是整个汉藏语系群体中最低的,该地区是整个汉藏语系群体扩张的一个终点。我们认为单倍群O3的群体至少经过两条路线进入喜马拉雅东部山区,随后逐渐与携带其他Y染色体单倍群的群体融合。
   人类迁徙走出非洲以后,每到达一个新的地区遗传结构会发生很大变化。这种变化有的是随着群体分离而随即发生的,典型例子如Y染色体类群分化,而另外一些则是与区域环境的适应有关,典型例子如人类酒精代谢基因家族的类群分布。研究这类由环境影响发生变化的遗传标记,对于理解亲缘群体之间的生理差异的产生过程尤为重要。而最典型的生理差异明显的亲缘群体就是汉族与藏族。作为一个案例式的研究,本文通过遗传学数据较系统地调查了汉藏之间的酒精代谢基因的多样性,并探讨了遗传多样性与人群环境适应的关系。
   人类酒精代谢基因家族的乙醇脱氢酶基因的多个变异与各种重大疾病相关。特别是ADH1B*47His在东亚人群中高频出现,受到显著的自然选择。ADH1B基因可以分为H1-H7七种单倍群,其中H5、H6和H7包含ADH1B*47His等位基因,而H6和H7更是东亚特有的类型,汉族中H7占绝对多数,而H6很少。本文对西藏地区1175个藏族群体ADH1B基因的研究发现,藏族的主要群体(样本来自昌都、拉萨、那曲、林芝、山南和日喀则地区)中大约有12%的单倍型H7和2%的单倍型H6的分布,频率都低于汉族,但是两种类型的比例几乎相同。一些和藏族密切联系的小群体的单倍型H7分布频率则偏低,定日藏族(9%)、工布藏族(8%)、门巴族(6%)、夏尔巴人(6%)、珞巴族(2%)和僜人(0%)。长区段单倍型分析发现ADH1B*47His在藏族群体中有微弱的正选择信号。在已研究的群体中,单倍型H7的多样性在藏族群体中最高。网络结构分析显示汉族群体的单倍型H7并非来源于藏族,而是来自汉藏的共同祖先。ADH1B基因的H7单倍型起源于汉藏的共同祖先,并且很早就流入藏族群体中。H7在汉族中的频率升高是对农业生活的遗传适应。由于藏族的农业历史很短,藏族的ADH1B基因仅受到微弱选择,单倍型频率没有显著升高,基因的多样性却累积至一个很高的水平。
  
[硕士论文] 游佳
教育管理 四川师范大学 2011(学位年度)
摘要:随着时代的发展,儿童的性别教育越来越受到广大教育工作者以及家长的重视。小学教育阶段是儿童性别角色认同形成的关键时期,本文以成都实验小学四年级学生为研究对象,对其性别角色认同现状展开了研究,分析了影响儿童性别角色认同的原因,并提出如何开展小学生性别教育的措施。本文从以下四个方面进行分析论述:
   第一部分“导论”分析了选择本研究的原因,明确研究的目的、内容、方法,对本研究的核心概念进行了界定并进行了本研究的文献综述;
   第二部分“现状调查与问题分析”本研究采用了问卷调查法、访谈法等方法调查研究小学四年级学生性别角色认同的现状,明确小学四年级是儿童性别角色认同的发展的关键期,分析当前小学四年级学生性别角色认同的特点以及存在的问题;
   第三部分“原因探寻”探索影响小学生性别角色认同的几个原因,包括生物遗传因素,儿童认知发展因素,家长与家庭教育因素,社会文化与社会风俗因素等,并分析论述了几个因素对于儿童性别角色认同的具体影响和作用;
   第四部分“应对策略”针对研究的具体内容,结合相应的理论知识,提出相应的教育措施,促进小学生性别教育的开展,促使小学生树立正确的性别角色意识。
  
[硕士论文] 陈雪
医学遗传学 南方医科大学 2011(学位年度)
摘要:背景与目的:
   我国幅员辽阔,民族众多,不同种族、同一种族不同群体、不同民族之间在语言、文化以及生活习惯等方面均表现出巨大的差异,实质上主要源于他们的遗传物质--DNA分子的差异。根据一些遗传标记信息,从遗传学角度来追溯人类群体起源迁移事件发生的大致时间及路线具有重要的科学意义。线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)具有遵循母系遗传、缺乏重组、进化速率高、群体内变异大等特征,被广泛证明是一个非常有效的用于研究人类群体间的亲缘关系和群体内遗传分化遗传标记,尤其是在研究母系起源及组成结构方面。
   壮族与黎族是主要分布于我国南方地区的两个亲缘关系十分密切的少数民族。壮族是我国人口最多的少数民族,有1600余万(根据2000年第五次全国人口普查统计),其中1500余万居住在广西。据史料记载,现今壮族人群的来源可以追述到2000多年前“雒越”、“西瓯”族群。目前关于壮族来源比较一致的看法认为,壮族是百越族群中这两支的后裔。海南岛位于中国的最南端,由琼州海峡和北部湾将其与中国大陆和中南半岛隔离。作为海南岛最早居民的黎族被认为是中国古代百越民族的后裔。关于黎族的起源现今有多种学说,仍没有一致的结论。
   本研究将从人类群体遗传学角度出发,通过分析线粒体DNA控制区中第一高变区与第二高变区序列变异,对广西壮族与海南黎族人群的遗传结构进行研究,以期探讨壮族与黎族人群之间的母系遗传关系,为追溯壮族与黎族起源以及历史迁移提供遗传学依据。
   材料与方法:
   样本
   根据知情同意的原则,随机采取888名健康个体的外周血样本,其中包括居住于广西地区的277名壮族人以及居住于海南地区的198名黎族人。还有222名广西居住的汉族以及191名海南居住的汉族个体的血液样本,作为本实验的对照样本。所有样本均采自无关个体并且确定他们至少前两代的家谱信息,被证实其母系的出生地都在同一地区。
   实验方法
   采用标准饱和酚/氯仿方法抽提基因组DNA,利用PCR反应扩增线粒体DNA的D-loop区域,对所有样本的高变区进行测序,通过与修正后的线粒体DNA剑桥标准序列进行比较,寻找变异位点,再结合编码区的限制性片段多态性的信息,划分单倍型类群。计算四种人群单倍型类群的频率,构建中介网络图,使用SPSS软件进行mtDNA单倍型类群频率主成分分析。
   结果:
   单倍型类群的划分
   我们测定了888个样本线粒体DNA高变区Ⅰ、Ⅱ的序列,并逐个划分了单倍型类群。一共定义了90多种单倍型类群,其中在中国南方主要的单倍型类群有B、F和M7等,广西壮族与海南黎族的频率总和分别达到了64.3%与69.7%。人群频率比较如下:广西壮族人群中B4(13.4%)、B5(10.10%)、F(18.1%)、M7(18.8%),海南黎族人群中B4(20.7%)、B5(7.6%)、F(20.2%)、M7(20.2%)。壮族与黎族人群单倍型类群频率分布相似,差异无统计学意义。
   主成分分析
   结合云南、江西、湖北、河北、河南等地的人群线粒体DNA单倍型类群频率的数据,与四组人群数据进行主成分分析。在主成分分析图中显示,第一、二个主成分总共解释了总方差的84.629%。广西的壮、汉人群与海南的黎、汉人群在图中聚集在一起,说明他们不但在地理位置上很接近,而且拥有该民族母系遗传的共性。相反,河南、湖北、湖南以及江西的人群在主成分图中相距较远,尽管他们在地理位置上很接近。
   中介网络图分析
   为了得到四组人群遗传关系更多的信息,利用线粒体DNA高变区的变异位点构建中介网络图。网络图由各人群的中心单倍型和分支单倍型类群构成,能从母系世系反映群体的进化历程及群体间的交互关系。广西的壮、汉人群与海南的黎、汉人群在单倍型类群的分布上显示出了极大的相似性。例如:由16297和150变异位点定义的M7b单倍型类群,包含了广西的10个壮族个体与13个汉族个体以及海南的6个黎族个体与7个汉族个体。Fla、Flal以及Flala单倍型类群在四个人群中也有着类似的特征。也就是说,尽管有的类群位于一些分支上,壮族与黎族人群还是共同享有这些单倍型类群。
   年代估计
   对广西的壮、汉人群与海南的黎、汉人群中频率较高的单倍型类群进行年代的估算。其中,M8是一个比较古老的单倍型类群,B、R9、N9、F以及M12'G单倍型类群相对比较年轻,发生变异的年龄大约在5万年左右。另外,像M7与D单倍型类群发生变异的年龄大概在4万年左右。
   讨论:
   海南人群与广西人群在线粒体DNA的遗传关系上十分相似,其母系基因库都表现出了中国南方人群遗传特征。南方人群中常见的B、M7和F单倍型类群的频率之和分别在广西壮族的样本中达到64.3%,在海南黎族的样本中达到69.7%。由于这种模式与前期报道的对Y染色体研究结果一致,广西壮族人群与海南黎族人群很有可能起源于共同的祖先。
   根据我们的实验结果,单倍型类群M7的溯祖年龄大概在四万年左右,在广西壮族/汉族以及海南黎族/汉族之间无明显的差异。这个时间可以认为是中国南方人群基因交流的时间。然而,对M12单倍型类群年龄的估计可能作为海南黎族人群分化的时间。M12类群的中介网络图显示出海南黎族人群主要位于系统发育树的分支上。这种模式反映出人群分化历史,说明海南黎族很可能是由广西壮族繁衍而来。
   中介网络图中,B4和B5单倍型类群表现出类似星形分布的系统发育树特征,在四组人群中都有相似的情形。B4b分支主要是以海南黎族个体为主,可能是有建群者效应存在。B4类群是中国南方常见单倍型类群,在我们的研究中也可以观察到这种结果。单倍型类群F的分支Flal类群在中国南方人群中的频率也是很高的,我们观察到Flal类群在海南黎族人群中的频率略高于其他三组人群。单倍型类群F在海南黎族人群中的溯祖年龄为5.1964±1.9914万年,而在广西壮族人群中为5.3275±1.8913万年。这很可能说明黎族祖先的人群迁移历史是一个很长的过程,他们的基因库可能是在随后的人群迁移和/或定居等一系列人类学事件的过程中逐渐形成的。
[硕士论文] 刘权威
动物学 湖南师范大学 2011(学位年度)
摘要:人类身高是一个复杂的数量性状,它由遗传因素和环境因素共同决定,遗传因素起主要作用,其遗传率在75%以上。身高在人体生长发育中是一个重要的生理指标,与很多复杂疾病相关(如糖尿病、骨质疏松症和癌症等)。探索身高的遗传机制有助于阐明身高相关复杂疾病的发病机理,为这些疾病的预防和治疗提供依据。目前,单变量的全基因组关联研究广泛用于基因的鉴定,该法利用均匀分布在基因组的分子标记定位与鉴定疾病或性状的候选基因。全基因组关联研究也鉴定一些身高的候选基因,但还有大量的与身高相关的基因仍未发现。此外,单变量的全基因组关联研究只能检测单个标记与表型间的关联,忽略了基因间的相互作用,它很难检测到那些弱效应的基因。最近,有研究人员开发了基于通路/基因集合的全基因组关联分析方法,该法能有效的检测已知通路/基因集合与表型间的关联,将有利于发现那些弱效应的基因。目前,基于通路分析的全基因组关联研究开展得还很少,尤其是在身高遗传学领域。为了探究身高的遗传学机制,本研究采用这种方法开展身高的基因通路全基因组关联研究。
   本研究选用1627个无血缘关系中国汉族人进行初始基于通路分析的全基因组关联研究,然后在2286个无血缘关系白种人重复验证分析。采用含有909622个SNPs探针的Affymetrix GeneChip HumanMapping SNP6.0芯片进行DNA基因分型。从KEGG,BioCarta,GeneOntology和Ambion GeneAssist Pathway Atlas4个公共通路数据库中挑选了1007条有注释的通路/基因集合。在中国汉族人中发现52条通路/基因集合达到了显著水平(P<0.05),其中只有Rho细胞运动信号通路通过了多重检验校正(原始p值=0.001、qFDR=0.023、PFWER=0.024)。在白种人中进行了验证分析,但是Rho细胞运动信号通路没有重复(p=0.654),可能是由于人群种族遗传差异造成的结果。在该通路的基因间进行了基因—基因交互作用分析更深入地确认Rho细胞运动信号通路与身高的关联;结果发现286个相互作用与身高相关(p<0.01),基因间都存在相互作用、彼此互相联系构成一个网络系统。Rho细胞运动信号通路中部分基因(如:v—src肉瘤病毒癌基因SRC)和凝溶胶蛋白基因(GSN)具有骨代谢调节功能,这表明Rho细胞运动信号通路可能在调节骨骼生长发育过程中影响身高。
   本研究采用基于通路的全基因组关联分析方法对身高基因的鉴定,并首次发现Rho细胞运动信号通路在中国人群中与身高变异有关。此结果加深了我们对身高的认识,为今后的同类研究奠定了基础。
[硕士论文] 严建东
知识产权法学 西南政法大学 2011(学位年度)
摘要:基因是人类遗传物质的基础,基因序列则蕴含着生命孕育生长、凋亡过程的全部信息。随着人类在基因研究领域的迅速发展,对基因研究成果,特别是人类基因序列信息数据库这种基础研究成果的知识产权保护显得尤为重要。当前在世界范围内,对人类基因序列数据库提供保护的主要方式有专利、商业秘密、版权和特别权利,其中商业秘密保护是现有的主要保护模式,特别权利保护是与人类基因序列信息数据库最相契合的模式。
  本文分为四个部分。第一部分是对人类基因序列信息数据库的背景介绍,指出了人类基因序列信息数据库在基因研究中不可或缺的巨大作用,简单介绍了人类基因序列信息数据库的特点和分类。
  第二部分论证了对人类基因序列信息数据库进行知识产权法律保护的理论基础,即知识产权保护的可能性和必要性。
  第三部分分析了针对人类基因序列信息数据库的专利保护、商业秘密保护、版权保护和特别权利保护四种保护途径,指出了各自存在的优势和不足。特别介绍了新兴的数据库特别权利保护模式,数据库特别权利保护在美国、欧盟以及世界知识产权组织的发展,指出特别权利保护是与人类基因序列信息数据库相契合的合理有效的法律保护制度。
  第四部分介绍了人类基因序列信息数据库在我国的保护现状,指出了特别权利保护的缺失,提出了人类基因序列信息数据库知识产权保护的完善。对于人类基因序列信息数据库提出了分类保护的观点,对于一级数据库主张投入公有领域,以利于数据的流动和分享;对于二级数据库主张赋予数据库特别权利,以建立合理的激励制度,从而更有利于人类基因序列信息数据库的良性发展。
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