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[硕士论文] 扈明君
马克思主义哲学 黑龙江大学 2018(学位年度)
摘要:马克思与达尔文的思想均在19世纪的科学理论中占有一席之地。马克思不遗余力地奋斗在解放全人类的道路上,创立了唯物史观,并以实践的方式宏观描述出人类社会的演变规律。达尔文则继承了诸多前辈的研究成果,提出了以“自然选择”为核心的,包括人在内的有机自然界生物进化理论。二者在思想上的“冲撞”引发不少后世哲学者们的思考。本文通过对马克思哲学思想发展史的回顾和达尔文进化思想的溯源来辨明二者在学说上的联系和歧义,对于我们加深对二者思想的理解和定位具有直接现实意义。
  本文除绪论外主要有三章。第一章选取马克思、达尔文在1859年公开发表的经典论述——唯物史观与进化思想为该部分主要内容,明确二个理论的社会影响。第二章将在前章基础上以探索从“自然”到“文明”及“自然情欲”到“社会本能”等看似断裂的演进过程中找寻马克思哲学与达尔文进化理论的思想共识,并利用“反向效应”原理解释人类生物本能与社会本质对人类与人类社会发展的反向作用。第三部分有针对性的系统梳理和区分对比马克思与达尔文对社会运行机制、社会结构、人类学等问题的认识差异,进一步对人(人性)及人类社会的发展机理进行重新审视,并找寻人类社会未来走向的新启示。
  本文认为,马克思和达尔文在研究方法上均采用了经验实证的方法,且二者的人类道德意识起源与人类生物学本质、阶级斗争学说与生存竞争观、人道主义与普适主义这三对理论具有极高的相似度。即在人类历史演进的问题上二者都认同“反向效应”的存在,并利用“反向效应”的连续作用解释了人类从“自然”到“文明”,“自然情欲”到“社会本能”的断裂表象。而对于社会运行机制、社会结构与人类学的理解马克思与达尔文又有着较大差异。
[硕士论文] 王凯
科学技术史 山西大学 2017(学位年度)
摘要:在科学史上,关于生物能否自然发生的问题经历了漫长而曲折的争论。这些争论对于解释地球上最初生命的形成、改进医疗卫生消毒以及分析现有生物的进化和变异都具有重要作用。19世纪60年代,巴斯德就基本完成了对生物自然发生说的否定,而在1931年,罗广庭重新提出生物自然发生说,声称“推翻”了巴斯德的种子说以及达尔文的生物进化论,引发了一场新的争论,这就是著名的“罗广庭事件”。本论文即基于这一事件,探究其前因后果,厘清其源与流,并进行评价和思考,以史为鉴,以期对当下有所启示。
  本论文正文包括四章。第一章:从自然发生说到生物进化论。阐述了实验科学兴起以前国内外对于生物自然发生的认识,历史上关于生物自然发生的争论以及巴斯德种子说和生物进化论学说1931年以前在中国的传播。第二章:“罗广庭事件”的起因。分析了在上述背景下,罗广庭发表相关文章开启了“罗广庭事件”,并分析了作为门徒的罗广庭何以反对巴斯德的学说。第三章:“罗广庭事件”的经过。以时间为序,梳理了这场争论从书面的争论到公开辩论再到实验验证的整个过程。第四章:“罗广庭事件”的评价与启示。总体评价了这一事件;在史料支撑的基础上,对罗广庭观点获得大量支持的原因进行了分析;在研究的基础上获得“通过争论深化科学认识”的启示。
  本文通过对历史上生物自然发生说、相关争论的梳理,厘清了1931年以前巴斯德种子说和达尔文生物进化论在中国的传播历程。并在深入考察民国时期生物自然发生之争的基础上,认为这场争论不仅仅只是一场纯粹的科学争论,权力、政治、社会、文化以及个人情感等因素都在其中产生重要影响。
[硕士论文] 李宏科
科学技术哲学 山西大学 2016(学位年度)
摘要:本文在对进化论中的决定性和非决定性成分进行梳理和辨析的基础上,以哲学的视角对围绕进化论中非决定性成分来源的争论的意义和影响进行了探讨,并最终提出应当基于进化论的多因素多水平性特征对其决定性与非决定性成分进行识别。
  本文第一章主要探讨前达尔文时期决定论的生命观。进化论之前的生物学思想中的生命观念包含着一种关于生命存在的由低级向高级的进化方向,并且很明显已经很好地适合了当时刚刚建立起的物理学,这为之后达尔文时期形成的一种基于经典的牛顿物理学体系的决定论的进化观奠定了哲学上的基石。因此第一章1.1探讨了亚里士多德关于生命梯度的决定论思想;1.2则探讨了生命梯度的决定论思想的重建。
  第二章探讨了进化中的偶然性。其中2.1探讨了偶然性在达尔文主义的进化论中的角色,表明了在达尔文的进化论中无方向的变异代表着一种偶然性;2.2则讨论了群体遗传学中随机遗传漂变的概念所带来的进化的偶然性;2.3探讨了中性学说中进化的偶然性,表明在分子进化层面的中性突变是偶然性的;2.4则论述了雅克·莫诺关于生命起源的偶然性的观点。
  第三章着重梳理和分析了围绕进化论中非决定性成分的来源之争形成的四种观点,其中3.1探讨了随机遗传漂变的观点;3.2探讨了关于适合度的倾向性解释的观点;3.3讨论了随机搜索和觅食的观点;3.4则探讨了突变和量子渗透效应的观点。
  本文第四章针对围绕进化论中非决定性成分的来源之争形成的四种观点提出了两个问题,第一是解释的相对重要性的问题,第二是解释的相关性问题。因而4.1探讨了进化非决定论的结构,认为进化论是决定性还是非决定性的问题需要依赖于一种关于进化的不同可能性的因素的映射。4.2则提出应该对进化论中的非决定性成分进行识别,并最终认为进化论的非决定性特征的问题并不是一个“全或无”的问题,而是一个“更多或者更少”的问题。
  结语在总结全文的基础上认为基于进化现象本身的复杂性,因而可能无法形成一种关于进化的完全决定论或者非决定论的统一观点,目前为止,我们只能接受这种混合决定论与非决定论的多元论的进化非决定论。
[硕士论文] 袁思思
计算机科学与技术 厦门大学 2016(学位年度)
摘要:系统发育分析是生物学的一个重要研究领域,旨在重建所有物种的进化历史。系统发育树是一棵描绘物种进化关系的树,也叫做进化树。目前重建进化树的方法可以分为两大类:1)基于最优原则的方法,如最大似然法和最大简约法;2)基于非最优原则的方法,如距离法。重建进化树的目的是找出有且仅有的那一棵反应真实进化关系的树。
  因为物种进化历史不可重现且其进化规律存在偶然性,所以如何确定真实的进化树一直存在争议,而目前基于单一准则的算法因为噪音等原因,可能不能重建出真实的进化树。本文提出的基于多目标优化算法的进化树重建能够同时考虑不同的进化树重建标准,从而可以重建一组可行进化树,在保证可靠性的前提下提供更多的进化可能性。
  本文以多目标进化算法为框架,对16种灵长动物的基因进行了两个实验。第一个实验以进化树的似然值和距离比值为目标,得到的可行解基本符合公认进化情况;第二个实验以进化树的似然值和简约值为目标,得到的可行解较第一个实验更加准确,但是实验花费时间比实验一多。受距离法的启发,对实验二进行改进:随机或者按照规则设置一个距离比值作为阈值,将距离比值大于阈值的树直接舍弃;并且在初始种群中加入一棵基于距离贪心法的“领导解”,加快在种群进化初期进行阈值筛选,从而加快实验的运行速度。
  通过对比参数(如种群个数N、子问题邻居个数T等)对于实验效果的影响验选择参数最优值。并将改进后的方法应用于其他的数据集中均得到较满意的解。
[硕士论文] 张昱亭
科学技术哲学 上海师范大学 2016(学位年度)
摘要:1859年,达尔文《物种起源》第一版正式出版,系统的生物进化学说建立起来。进化论的诞生产生了广泛的影响,其思想本身的内涵和外延都非常丰富。它最先提出了生物界的系统进化理论,及至20世纪又衍生出社会双轨进化理论。所谓双轨进化理论,就是指社会进化中有两种不同的进化,一种是生物进化,一种是文化进化,生物进化是物质和意识的双轨进化。相应的,基因进化是体内进化,文化进化是体外进化,现代社会人类进化主要的不是体现在生物进化方面而是文化进化方面。变异、自然选择以及复制,是逐步进化选择性保留和新的变异的产生的过程,是一个探索外部世界规律性,同时也是收集信息并获取知识的过程,亦即获取广义的知识的过程。广义的知识是变异、选择与复制的渐进结果。
  进化就是获取对外界的知识。如何获取对世界的知识?如何获取对人类社会的知识?这两个问题属于认识论范畴。我们的自由意志和理性,都是生物进化和文化进化的结果,是基因(生物进化)和模因1(文化进化)的复杂互动。我们自己就是达尔文的渐进过程的结果——是进化机制变异、选择以及积累的结果。获得对世界的认识,靠的是感性和理性:感性认识能力生来就有,属于我们与生俱来的知识,这些知识虽然不具有观念的形态,但有行为编排和使我们得以存活的生理学适应的形态;理性是人类对社会的认识能力,是在人与人之间的社会交往中逐步形成的。理性与自由这两个话题,既彼此独立又相互依赖。理性是实现个人自由的必要条件,它引导人们慎重地对待自由,去除自由放任,使我们在行使自由权利时也能充分运用个人的判断力,具有道德感和责任心。而在实现自由的过程中,除了理性,诸如传统、习俗和道德这些文化进化的成果也发挥着重要作用。理性只有始终与这些特定的具有驱动力的成果相结合,才能够指导人的言行。
  经济学本身是研究资源的优化配置的和优化再生的,和哲学一样,是一门和人特别相关的学问。古典经济学对经济学规律的解释和达尔文的系统的进化论的规律很像是同一规律在不同学科的挪用——它们都是系统内的自发规律。最近几年同时把进化论和经济学作为讨论对象的书籍,如《达尔文经济学》2、《当经济学遇上生物学和心理学》在国内出版而且很流行。所以写论文的时候我就希望能够写一些拥有比较丰富的哲学思想的经济学家,把它们对进化论的看法拿出来做比较,目的是想知道经济学家的什么方面的哲学观念会影响它们对进化论的看法。我选择哈耶克和阿玛蒂亚·森,是因为这两个人同为经济学家但是差异非常大。本身就是很好的对比。它们同样都把自由概念放在极端重要的位置,但同时哈耶克被称为富人的经济学家,阿玛蒂亚·森被称为穷人的经济学家。初步阅读两人和进化论有关的文字篇章,可以感受到哈耶克对达尔文生物进化思想认同度比较高,阿玛蒂亚·森的批判态度就比较明显了。这也是我选择它们作为对比对象的重要的原因。
  进化论的影响早已进入经济学的研究领域。政策和建议是判断经济学家所持有理性和自由观念的侧面印证,不同的理性和自由观念的冲突就是认识论的冲突,而这种冲突又常常反映在对进化论的不同解读中。
  本文从哈耶克和阿马蒂亚·森这两位经济学家关于达尔文进化论的文本解读入手,通过对比分析两人的理性与自由观念,找出两人对达尔文进化论的理解和评价不同的原因。这项研究不但有助于探讨进化思想的起源,为研究经济学和进化思想的互动提供实例,还希望能够为深入理解进化思想提供某种助益。
[硕士论文] 李富强
软件工程 湖南大学 2015(学位年度)
摘要:生物技术发展日新月异,人们迎来了一个基因的时代,这些前沿生物技术势必为人类的生活和科学发展特别是物种研究带来许多的便利。
  本文所做的工作包括以下三个方面:
  首先,全物种基因数据的基因树构建分析系统设计。结合全物种基因数据作为数据源,利用Blast进行了基因序列对比,然后通过Kimura两参数建模,最后利用MEGA快速建立基因树。实验结果表明,该系统能够准确的生成与生物树拓扑结构较为一致的基因树,在模型参考上是可靠的。
  其次,基于多物种溯组模型的生物树构建研究。为了更加明确生物树构建的方法,减少生成生物树与真实生物树的误差,本文从引入多物种溯祖分析模型开始,尝试以系统发育树为中心,基因树与物种树为指导,找出最合理的生物构建方式。
  最后,基于STAR模型的,借助BEST和GTR分子进化模型,通过48物种的2245个基因进行验证。实验结果表明,STAR模型在全物种大规模基因数据下产生的物种树结果依然一致,在在某些节点上,在基因数据的增加的情况下,统计支持率得到了非常明显的提高,甚至在某些现物种关系紧密,统计支持率却非常低的节点上,基因数据的增加,直接导致了统计支持率显著的提高。另外我们还可以得出,通过BEST和GTR清洗后的生物树在结构上表现的异常的一致,考虑到GTR是最复杂的的分子进化模型构建器,我们可以在将来的研究中直接选用BEST作为分子进化模型构建器,提高研究效率。
[硕士论文] 周珈伊
中国近现代史 哈尔滨师范大学 2015(学位年度)
摘要:严复“物竞观”是其天演进化思想的重要组成部分。“物竞观”的呈现过程也是严复杂糅达尔文进化论思想,与斯宾塞社会学思想以寻求改变中国近代危局的理论指导过程。严复巧妙地选取了赫胥黎的《进化论与伦理学》作为翻译对象,在他的变译下,“物竞观”逐步成为近世革新的理论依据。
  在对“物竞观”构建过程中,严复以改译的方式,使“物竞观”的范围得到扩展,内涵更加丰富,凸显出“物竞观”价值所在。严复使用增译的方式,对“物竞观”进行了形象地阐释,全面地呈现及补充式地概述。严复通过转述的方式,对赫胥黎笔下多个“争”进行了完善地保留、形象地留取及客观地汲取。在变译过程中,严复对物竞进行较为全面地阐释,宣扬了“与天争胜”,并探索出以“合群”为方式的生存之道。
  《天演论》问世后,严复“物竞观”逐步传播开来,对中国近世“变局”产生了深远的影响。在理性认识社会竞争方面,“物竞观”具有开启民智的重要意义;在革新主张的论证中,“物竞观”是其中的依据;在对道德的关注中,“合群”的内涵具有一定的推动作用;在上述过程中,出现了对竞争内涵的不同解读。
[硕士论文] 董凌云
科学技术哲学 上海师范大学 2015(学位年度)
摘要:本文旨在研究休谟思想对达尔文生物共同由来说的影响。达尔文理论除了自然选择学说之外,其较为残酷也颇为情感的一面可主要总结为他的“生物共同由来说”理论,该理论包含了诸多对于人跟动物情感相似性的探索。这种情感相似性既是休谟曾思考过的,也是达尔文人猿共祖理论的主要依据。既然如此,那么,在休谟思想和达尔文理论之间是否存在某种影响关系呢?本文就是对此问题尝试作出的肯定性回答。
  本文主要分为四个部分:引言部分首先主要介绍达尔文“生物共同由来说”理论受到休谟思想影响的可能及依据,其次介绍了这方面国内外的研究现状。第一章主要介绍阐明达尔文该理论的定义和提出的依据。第二章分别从文本依据和思想的相似性比较上论证休谟对达尔文“生物共同由来说”的影响。最后,本文指出,在19世纪,达尔文的“生物共同由来说”或许也受到了其他人的影响,休谟不是唯一的启发者。但是,通过两个人对该问题思想上的相似性,其中包括他们对宗教的认识,对经验的重视,对动物与人情感相似性的思想,以及由此引发的道德问题的思想,结合文本上的依据,至少可以得出结论休谟也对他提出“生物共同由来说”产生了影响。
[博士论文] 焦淑云
生物学 上海交通大学 2014(学位年度)
摘要:演化过程总是受到突变、选择优势、迁移等遗传因素相互作用, Sewall Wright基于豚鼠交配实验于1932年提出了适应景观,它的拓扑结构被用来描述物种形成,甚至更广泛的演化过程,但是至今适应景观存在性和有用性仍有争议。本文主要运用新的适应景观构造方法,从理论上定量地构造适应景观来说明适应景观存在,并可以逻辑一致地构造。此外,本文还通过具体例子说明了构造出的适应景观在对参数空间动力学分类和估计稳态的逃逸问题方面的应用。
  本文工作分三部分:第一部分证明了对于非梯度的系统,适应景观可以存在。通过解析地给出适应景观并讨论了演化过程相应的动力学行为,再加以与已知的结果比较,本文得到适应景观在这一系统是存在的,构造适应景观方法不受维数限制。第二部分给出了吸收现象时的适应景观及一类稳态的小概率逃逸估算。本文通过对Wright-Fisher模型构造适应景观,并用它对整个参数空间的动力学做了完整分类,特别地得到了分开两个稳态域的临界状态的代数表示。当遗传因素作用强时,本文得到的适应景观及动力学行为跟已知的结果吻合,当只有随机漂变作用,吸收现象出现时,本文一致地构造了适应景观,并用它对动力学行为做了分析,尤其是演化过程出现了相同作用效果不同因素作用的动力学行为,对这两种情况本文都给出了稳态逃逸的估计。本文从适应景观角度提出了一种新的中性演化定义。第三部分给出了Muller ratchet模型中最适应类的灭亡时间在突变较弱和较强时的估计。本文通过对Muller ratchet模型构造适应景观,并用它对整个参数空间的动力学做了完整分类,特别地得到了平衡状态代数表示为虚数的情况。本文对具两个山峰的不同形态适应景观都给出了稳态逃逸的估计,并跟离散模型的结果进行了比较。
  本文通过从理论上构造适应景观说明了适应景观的广泛存在性及有用性。
[硕士论文] 王宇
生态学 内蒙古大学 2014(学位年度)
摘要:人们一直认为湿地具有丰富的物种,是物种多样性最高的生境之一。乌梁素海是地球上干旱与半干旱地区较为罕见的大型湖泊,属于同一纬度地区占地面积最大的湿地湖泊,所以本文以乌梁素海为例,研究乌梁素海湿地的植物物种多样性水平。通过构建各生境的物种累积曲线及拟合最优方程,估算各生境的物种饱和数,分别与实际记录值(文献、野外调查得到的结果)相比较、发现物种饱和数的估算与实际记录值基本接近,其中乌梁素海湿地的物种丰富度最低且远远低于生境。通过物种密度以及拟合方程的Z值,C值所代表的生境内物种多样性相比较,各种指数均表明乌梁素海湿地的物种多样性水平最低。就所比较研究的各生境而言,乌梁素海湿地植物物种多样性水平最低,同为湖泊湿地的达里诺尔湿地的植物物种多样性水平也低于同处内蒙古东部地区的古日格斯台山地森林草原、乌拉盖草甸草原的植物物种,表明对湿地物种丰富的认识似有偏颇。乌梁素海区域物种多样性水平最低,导致其物种多样性水平最低的主要原因包括:
  1)乌梁素海地区较为干旱,地区降水量少,蒸发却十分强烈,导致降水成了植物的限制因子,成为制约物种多样性水平的重要原因。
  2)乌梁素海地区属于盐渍化生境,水体和土壤盐碱性对植物在该生境中的生存起着限制性的作用,而乌梁素海水体日益严重的富营养化会加剧土壤的盐渍化,进而影响乌梁素海湿地植物物种多样性。
  3)人为活动对乌梁素海地区生境的干扰如放牧,农业耕作,使得乌梁素海地区的湿地生境受到破坏,导致一、二年生植物在乌梁素海地区占据比例较高,多年生植物较少,从而导致其物种多样性较低。
[硕士论文] 谭微
科学技术哲学 上海师范大学 2014(学位年度)
摘要:20世纪之初的西学东渐浪潮中,华莱士作为自然选择理论的共同发现者被引介到中国来。华莱士与达尔文共同发现了自然选择理论并引发“达尔文革命”已经成为我国公众理解进化论历史的常识之一。
  在国内,虽然在有关生物进化理论的书本中都会提到华莱士,但篇幅过少。人们仅知道,华莱士与达尔文在同一时期不谋而合地提出以自然选择为基础的进化理论。正是由于华莱士,达尔文才加快了工作步伐,在经过了13个多月的紧张整理和写作,终于完成了著名的《物种起源》一书。然而,一些外文资料显示,华莱士并不是与达尔文一样的“达尔文主义者”,而是发展出了一套与达尔文本人完全不一样的进化学说.国内却对于这一问题尚无全面的介绍和深入的研究。基于此,本文将重点通过对比达尔文与华莱士二者的自然选择理论所反映出的分歧和碰撞,重新审视自然选择理论的“共同发现”。
  本文分四个部分。第一章主要对达尔文与华莱士各自发现自然选择理论的过程进行了简要介绍,从两人不同的出生环境、社会关系和博物学经验,显现出来的是两条完全不同的“发现之路”。第二章至第四章是本文的重点,通过梳理达尔文与华莱士有关自然选择理论的异同,从“自然选择和人工选择和可类比性”、“对第二性征的不同解读”和“人类的起源”等方面,分门别类的阐述双方在自然选择理论中产生的具体分歧,并试图探讨其背后的原因或影响。华莱士坚持以强适应主义的解释反对达尔文引入人工选择和性选择,然而,在人类进化的问题上,华莱士认为自然选择存在局限性,以唯灵论思想来解释人类那独特的精神能力。
  现如今,虽然达尔文的自然选择理论得到了普遍认可,华莱士逐渐淡出了科学界,但,通过对华莱士和达尔文的自然选择理论进行对比分析,可以使公众更加透彻的理解这一理论。
[硕士论文] 李哲
计算数学 湘潭大学 2013(学位年度)
摘要:系统发育分析在生物科学和医学领域有着重要的和广泛的应用,而构建系统发育树又是系统发育分析的一个重要任务,如何构建系统发育树成为本文所关注的问题。
  系统发育树的构建一般有最大似然法、最大简约法和距离法这三种方法,其中距离法是通过定义生物序列之间的距离度量、生成距离矩阵来实现的,然而先前的用来构建系统发育树的距离度量有相当一部分并不满足数学上的距离度量的定义,已有学者建议称它们为非相似性度量。本文重点考虑相似度量的一般定义问题。
  受张凯忠教授等人关于相似度量定义的启发,本文首先给出了相似度量的更一般定义,然后对其性质及其与距离的关系进行了研究,最后文章应用上述相似度量以及“相似度越高距离就越近”生成距离矩阵,并用此距离矩阵构建出了较好的系统发育树。证明了相似度量定义的合理性和可应用性。
[硕士论文] 尹琳昱
科学技术哲学 东华大学 2013(学位年度)
摘要:在人类成长的历史上,两性关系的话题一直存在,两性之间的合作与对抗则是一场古老而又年轻的话题。今天是转型和多元的社会,两性问题包括性欲、爱情、婚姻、男女平等,它既是社会问题,又是生物学问题。虽然历史上从生物学视角去探索两性关系的并不多,但已呈现热门和增长之势。对生物学影响社会——人类两性关系的历史进行考察,无疑会有助于我们看清和把握当今热门的社会问题。在历史上,有一本重要但被忽略的著作《两性问题与生物学》。本文分别从研究方法、研究内容两角度对其进行研究,并挖掘其对20世纪初和今天的中国社会的借鉴价值。
   《两性问题与生物学》成书其时,正值达尔文主义在我国传播流行之时。因此本文最主要的论题就是该书中的达尔文主义观点。本文主要从两大角度对该书的达尔文主义思想进行了分析:其一,是从方法论和研究范式的角度,分析了该书中的达尔文主义生物学思想。其二,则是从该书的具体观点和问题出发,分析了其中潜藏的达尔文主义的诸多论题。
   本文第一章中,分析《两性问题与生物学》中的达尔文主义范式。文章提出,达尔文进化论对该书两性生物学研究的影响主要在三方面:其一,是研究纲领方面;其二,是具体研究方法方面;其三,是该书直接借鉴了达尔文进化论的一些具体结论。
   在该书中,虽然大部分篇幅都用是用来介绍和评价其时生物学关于两性生殖问题的最新科学发现,但作者最关心的仍是反映在社会层面的两性关系问题。因此本文第二章和第三章,主要从优生学、生物决定论、男女平等三个具体的社会问题切入该书,挖掘了该书作者从进化论角度出发来分析其时的诸多社会问题,以及该书作者是如何将达尔文的进化论角度与东方道德传统协调一致。
   在本文的最有一章,我们一方面将该书其他诸多有价值的论点和论证提炼概括出来,另一方面则结合前文分析过的诸多具体问题,从科学、文化传播的角度探讨了该书在当时社会的影响和意义。
[硕士论文] 李凯凯
运筹学与控制论 山东科技大学 2012(学位年度)
摘要:细胞中的基因、蛋白质以复杂相互作用关系系统地调控细胞活动。本文利用系统发生谱的逻辑建模和分析方法来鉴别基因间的高阶逻辑关系。细胞核蛋白质相互作用(PIN)数据库与美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中含有580个相同基因,这些基因都是编码蛋白质复合体亚基的基因,筛选出它们在结肠癌临床Ducks分期的A、B、C期组织(实验组)和正常组织(对照组)中的表达谱,通过Wilcoxon秩和检验选取实验组各期与对照组表达谱有显著差异的153个基因作为疾病候选基因。构建了这些基因包含一、二阶逻辑的网络,比较了不同阈值下不同网络的平均节点强度、平均路径长度和平均聚类系数三个结构参数。通过这些结构参数间的差异性,选取合适的阈值对网络进行粗粒化,得到此阈值下的逻辑网络图。本文关注二阶逻辑对应的基因三元组以及不同期二阶逻辑的类型分布。发现对照组中疾病候选基因间的二阶逻辑类型分布较广且较均匀,实验组各期和对照组中,都不存在第五类和第七类二阶逻辑;结肠癌A期几乎全是第一类逻辑;结肠癌B期和C期主要集中在第一、三、八类。我们认为,基因或蛋白质之间的二阶逻辑可能是生物网络的一类模体,不同类型的二阶逻辑可能对应生命活动中不同的生化反应模式。对照组和实验组各期逻辑网络中二阶逻辑类型分布差异可能说明正常组织和患病组织中生化反应模式的差异。
  基因编码的蛋白质大部分都以复合体亚基的形式存在,若干不同的亚基共同形成一个能够完成独立生物功能的蛋白质复合体。为了在蛋白质水平上研究细胞的生理机制,我们将上述获得的基因逻辑序对或三元组中的基因映射到它们所编码的亚基组成的蛋白质复合体上,得到了大量蛋白质复合体逻辑序对和三元组。其中,结肠癌A期复合体逻辑网络中存在大量在端粒盖帽过程中起重要作用的复合体。我们推测可能的原因是细胞在结肠癌A期开始癌变,染色体端粒开始复制,导致大量与端粒维持有关的复合体异常活跃。结肠癌B期复合体逻辑网络中的复合体多数与DNA修复有关。我们推测这可能是因为经历了结肠癌 A期细胞癌变之后,细胞中存在比正常状态下更多的分子损伤,需要 DNA修复机制发挥更强大的作用,以抑制或减缓细胞衰老、死亡或癌化的过程,从而导致与DNA修复有关的复合体异常活跃。结肠癌C期复合体逻辑网络中存在大量与转录有关的复合体。我们推测可能的原因是结肠癌C期癌细胞正在迅速增殖,酶需求量的增加促进了转录的进行,同时与 DNA损伤有关的基因大量转录以抑制癌细胞分化或增殖。对照组复合体逻辑网络中与转录、细胞周期、细胞生长、DNA修复和RNA加工有关的复合体均有出现。我们推测这可能是由于正常组织细胞中需要及时修复不必要的损伤,促进正常新陈代谢反应的产生,与不同细胞过程有关的复合体各自发挥正常功能才能维持细胞功能的正常运行,维持机体的正常生理状态。
[硕士论文] 陈艳辉
应用数学 湖南大学 2012(学位年度)
摘要:非局部发展方程作为微分方程中一类非常重要的方程,在研究现实世界中生物种群的生活习性及特征时,有着非常重要意义。
  本文研究了两类有界区域上的非局部发展方程:一类是具有非局部反应的时滞微分方程,这类模型将生物种群按年龄划分为成年与未成年两种结构,研究了未成年生物迁移、成年生物不迁移的生物繁衍模式;另一类是具有非局部时滞的反应扩散方程,这类模型将生物种群按年龄分为成年与未成年两种结构,对未成年生物与成年生物都存在迁移的情形进行研究。
  本文共由四章组成:
  第一章介绍了非局部发展方程的研究背景及其进展情况,并对本文研究的问题、意义及方法进行了说明。
  第二章介绍了吸引区间的一些基本概念的相关性质,并给出了相关定义和一些基本符号。
  第三章考虑了生物未成年时迁移,成年后不迁移的情形,研究了具有非局部反应的时滞微分方程.本文通过研究其对应的抽象积分方程,得到了非局部时滞微分方程解的存在唯一性;通过运用吸引区间的方法,得出了该方程解的全局渐近稳定性,从而给出了判定这类方程全局渐近稳定性的最优准则。
  第四章考虑生物成年与未成年都存在迁移的情形,研究了非局部反应扩散方程.本文通过运用偏微分方程理论知识对其对应的抽象积分方程进行了研究,得到了非局部反应扩散方程解的存在唯一性;并通过运用吸引区间的相关性质,证明了该方程的全局渐近稳定性;从而给出了判定这类方程全局渐近稳定性的最优准则。并给出具体的例子。
[博士论文] 黄勇生
中国现当代文学 华中师范大学 2012(学位年度)
摘要:进化论是产生于19世纪的一种自然科学理论,它不仅是生物学上的巨大革命,亦对思想界、政治界与文化界产生了重大影响。国人广泛接受进化论思想是通过严复1898年翻译出版的《天演论》进行的。《天演论》所传达出的“物竞天择,适者生存”的理念,于民族危亡的特殊历史时刻,给国人以当头棒喝,促使国人转变观念认清现实,进而努力自强,起到了动员全社会的重大作用。随着进化论思想的深入人心,它作为一种崭新的世界观得到了全社会的普遍认同,对近现代中国的历史进程产生了极为深远的影响。
   进化论思想主宰了晚清直至五四前后的中国思想界,成为这一时期的主流思潮。而晚清至五四,亦是我国古典文学逐渐走向衰亡,新文学不断孕育成长的时期。因此,中国新文学自产生的那一天起,就深受进化论思想的影响;要想正确厘清中国新文学的来龙去脉,离不开对进化论思想及其影响的梳理。基于两者之间的这种密切联系,本论文选取晚清至五四这一具有发生学意义的关键时段,对它们之间的密切关系展开研究。本文的基本看法是:中国文学从传统向现代的变革是一个包括文学格局、文学观念、文学理论、文学语言、文学创作、文学史写作,乃至文学评论等等诸多方面发生根本性变化的过程。晚清至五四,进化论思想在介入文学领域后,上述各方面发生了根本性的变化,新文学与古典文学区分开来,最终完成了中国文学的现代转型。在此意义上,我们有理由相信,进化论思想与中国新文学的生成,有着密不可分的联系。
   论文正文分成三个部分:
   第一部分,笔者首先介绍晚清至五四进化论在中国的发展历程及影响。在早期,由于传播主体、中体西用的格局以及时局的影响等原因,进化论在传入我国后并没能立即产生轰动效应。甲午战败后,严复通过《天演论》的翻译,向国人传达出“物竞天择、适者生存”的进化论原理,由于契合了国人求富求强求变的心理,得到了全社会的普遍接受与认同。进化论思想被广泛地用来解释社会历史发展的普遍规律,成为了一种新的世界观。直到新文化运动后期,它才被更新的世界观--唯物史观取代。进化论思想及其核心理念“进步”,冲决了中国古老的“天不变,道亦不变”的传统,将国人长期信奉的倒退史观和循环史观,转变到了进化发展的轨道上。与此同时,传统以天理为中心的自然法则逐渐被以科学为中心的公理法则取代。世界不再是以天理为中心、独立于人的意志之外的自然世界,而是以人为中心的理性世界。人的意义和价值不再属于过去那个天人合一的超越世界,而是回到了世俗社会本身,回到了人自身的历史。这就推动了国人对“人”的全新认识。不过,进化论思想把中西放在同一发展进化的轨道上,以西方的快跑印证了中国的落后。这种简单地将西等同于新、中等同于旧的二元对立的思维模式,在历史上引发了经久不衰的古今中西之争,其利与弊都至大、至深。
   第二部分,笔者集中论述进化论思想与晚清文学改良之间的密切关系。以梁启超为代表的维新派知识分子以进化论思想为武器,通过对人类社会不断由低级向高级阶段进化的客观规律的肯定,为中国社会政治制度的变革找到了合法依据。当进化论思想介入晚清文学改良运动后,它一方面动摇了传统文学复古的价值根基,另一方面,又通过教育救国思潮,对文学的观念、语言、格局,乃至文学的学科体制等产生了多米诺骨牌似的连锁影响。在这一过程中,白话兴起,为五四时期白话取代文言奠定了基础;文学观念功利化的加强,也对后来文学理论的建构与文学的创作有着深远影响;小说由文学边缘进入中心,改变了以诗文为中心的传统文学格局。所有这些,都为中国新文学的发生奠定了不可缺少的前提。
   第三部分,笔者探讨进化论思想与五四新文学之间的密切联系。在五四文学革命中,胡适以实用主义哲学和进化论思想为基石,构筑起白话文学理论的大厦,白话最终取代文言,实现了文学语言的大变革。进化论的文学史观进入新文学史的书写后,深刻地影响了我们对新文学本质属性的认定,直接影响了新文学在我们面前呈现出来的状态。晚清至五四,在个体意识觉醒的过程中,进化论思想直接参与其中,进化论的精神传统--竞争、创造、科学等,成为中国式现代个人观念的重要组成部分。个体意识的觉醒,使五四新文学在文学主题、文学题材、文学人物、表现手法等方面发生根本性变化,最终与古典文学区分开来,完成了中国文学的现代转型。
[硕士论文] 蒋田田
环境科学 天津大学 2011(学位年度)
摘要:千百年来,生命的起源、生命的本质、生命的新陈代谢、情感和意识的起源、生物的多样性、进化的法则等问题一直是困扰人类心智的问题。在这特殊的生物学领域里,过去的人们基于还原论的逻辑尝试用物理、化学领域中拆分的方法对生命进行还原,把生命拆分成多个部分进行研究,取得了不菲的成就,然而这种方式破坏了生命的有机性和活性,难以破解生命的奥秘。
   本文突破还原论的逻辑,彻底改变传统还原认识论的世界观。本文认为,世界万象是不断演化和寻找稳定模式的信息实在及信息过程,是在无边界网络中涌现出的公共的、有机的、有功能的、多层次的、学习的、进化的模式。本文导出了由信息实在及信息过程创生世界万象的动力学方程,描述了“在无限网络中信息实在不断抓取数据通过无偏差的相互参照形成稳定模式从而证明模式存在”这一真实世界形成和演化的过程,显然,这一过程满足最大广义信息熵原理(或最大流原理)。生命系统作为整个同构和全息的世界图景中的部分和环节,也是一个通过最大化地收集广义信息熵使自身生成演化的广义生命体,本文由此揭示了生命系统的实质,得到了控制生命系统生成演化的动力学方程,构建起阐述生命系统的理论框架。在理论阐述基础上,通过生命系统的量化方法,我们重构蛋白质分子分形维数的动力学过程,揭示了蛋白质分形的内涵和演化过程,这对除蛋白质模式之外的其他的生命系统的模式的演化内涵的揭示也有指导意义。另外,本文还发展出一套具体的算法,借助Matlab平台提供的自组织特征映射人工神经网络对复杂系统的动力学演化方程进行求解,即利用抓取的组元重构复杂系统自我涌现的稳定模式,建立了新世界观和理论框架下对复杂系统的数值模拟方法。基于这一思路,本文以微生物生态系统和太湖虾为例,对其整体结构模式的演化进行了模拟分析可对诸如生命此类的复杂系统结构演化进行预测,可在一定程度上了解其发展趋势。最后我们对生命的其他相关问题诸如宇宙、物质、意识的起源问题都分别进行了探讨,希望能让人们在对生命等问题的认识上有些更深刻的感知和体会。
[硕士论文] 韩鸿雁
动物学 河北大学 2011(学位年度)
摘要:直翅目(Orthoptera)隶属于昆虫纲(insecta)有翅亚纲(Pterygota)新翅下纲(Neoptera),包括蝗虫、蚱、蜢、螽斯、蟋蟀、蝼蛄等,全球已知25,000余种,中国已记录约2,360种。直翅目高级阶元的系统发育关系至今尚未定论,为大多数学者所接受的2 亚目分类系统也受到来自分子数据的质疑。
   本论文基于2个发育调控基因(Ubx和Wg)序列对直翅目高级阶元的系统发育关系进行了分析。应用PCR、RT-PCR和巣式PCR的方法,分别得到3种昆虫Ubx基因117bp和9种昆虫Wg基因549bp (gap 包括在内)的核苷酸序列。利用MEGA 软件对序列进行碱基组成、替换分析,遗传距离等。同时从GenBank下载昆虫纲以及外群甲壳动物大型溞的相关基因序列,使用MEGA、PHYLIP、MrBayes和PAUP 软件分别构建基于Ubx和Wg基因的系统发育树,结论如下:
   1、 Ubx基因117bp的核苷酸序列高度保守。直翅目中变异位点数13个,占11.1%,全部发生在密码子的第3 位点,均为同义突变,没有造成氨基酸序列的差异。碱基组成表现出明显的不均衡性,在直翅目类群中,密码子第3 位点的G+C 含量高达92.9%,但是密码子第2 位的G+C 含量却仅为33.4%。氨基酸组成上,不含天冬氨酸(Asp)、甘氨酸(Gly)、脯氨酸(Pro)、丝氨酸(Ser)、缬氨酸(Val)和酪氨酸(Tyr),碱性氨基酸精氨酸(Arg)的含量最高,为17.95%。
   2、 Wg基因包括Gap在内的549bp的核苷酸序列保守位点数为375,占68.3%,密码子第3 位的变异率最高,为56.3%,第2 位点变异率为18.0%。碱基组成表现出明显的不均衡性,在直翅目类群中,密码子第3 位点的G+C 含量高达96.8%,但是密码子第2位的A+T 含量却为52.9%。氨基酸组成上,12种直翅目昆虫涵盖20种氨基酸中,色氨酸(Trp)的含量最低,平均含量为0.56%,其次是异亮氨酸(Ile),平均含量为1.91%。
   碱性氨基酸精氨酸(Arg)的含量最高,为11.26%,甘氨酸(Gly)的含量次之,为11.12%。
   3、碱基替换饱和度分析显示,Ubx和Wg基因转换和颠换均为达到饱和。遗传距离分析均表现出直翅目类群间的遗传距离较小,而与外群的遗传距离较大。
   4、系统发育重建结果显示,基于Ubx基因部分序列构建的NJ 树、MP 树、ML 树以及贝叶斯树都没有很好的解决直翅目的系统发育关系问题,这可能与Ubx基因这段序列长度和氨基酸组成上的高度保守有关系。而基于Wg基因部分序列构建的NJ 树、MP 树、ML 树以及贝叶斯树都能够得到较为一致的系统发育关系:外群大型溞Daphnia magna最先从树的根部分出,整个昆虫纲聚为一支;在昆虫纲内,石蛃目昆虫作为原始的类群最早分出,有翅类群聚为一支;在有翅类群中,直翅目昆虫聚为一支,形成一个单系群,直翅目中分为2个分支,支持直翅目2 亚目的分类系统。
[硕士论文] 齐江蕾
科学技术哲学 哈尔滨师范大学 2011(学位年度)
摘要:本文主要阐述了进化思想的产生到传统达尔文主义理论的产生渊源以及进化生物学统一问题的困境和当代科技哲学视角下对进化生物学统一问题的解释。站在生物学家的角度看,对进化生物学统一问题的研究清理了进化生物学的一些基本概念,为进化生物学的理论化创造了条件。站在当代科技哲学的视角,再次解读达尔文进化论的疑难问题,基于进化论的特殊性质使它成为一般科学哲学和方法论的特殊样本,对它的分析可以加深我们对科学理论性质的理解。将为生物哲学研究提供全新的视角和思路。全文除绪论外,包括了四个部分:
  第一部分主要是对进化思想历史的梳理。这一部分从进化思想的渊源到达尔文进化论的形成过程,直到达尔文进化论形成后,进化论的各种补充和派别的介绍都进行了归纳总结。并在总结进化思想的历史过程中,做了简要的分析,指出了进化思想的发展历程中的主客观因素。
  第二部分主要是对进化生物学统一的研究。这一章里,介绍了进化和进化生物学的含义、统一的标准以及进化生物学统一的目标。
  第三部分主要阐述的是进化生物学统一问题的争论。进化生物学作为新兴学科,站在科学技术哲学视角上,分析进化生物学统一遇到这三大问题:科学结构问题、理论还原问题、认识的等价性问题。
  第四部分是本篇论文的核心内容,主要是讨论在进化生物学统一的问题上我们遇到的困境。
[硕士论文] 邹玲
应用数学 南昌大学 2011(学位年度)
摘要:本文主要讨论了种群动力学模型和生态传染病模型,我们在传统的微分模型基础上,加入时滞效应,进而衍生出时滞微分方程.本文讨论的内容分为如下几章:
   第一章主要介绍生物动力系统的研究背景和发展现状,并给出本文所要做的工作.
   第二章研究了具有时滞作用的食饵与捕食者角色互换的种群动力学模型的Hopf分支,我们以年龄阶段结构作为时滞因素,建立相应的时滞微分方程.我们讨论了系统的有界性和持久性的充分条件,应用Hopf分支理论,证明了Hopf分支的存在性,并进行数值模拟以佐证理论成果.
   第三章我们讨论了具有分布时滞的生态传染病系统的持续生存性,时滞在生态传染病模型中发挥着重要作用,它可能会影响到系统的持续生存性和灭绝性.我们通过讨论,得到系统持续生存的充分条件.
   第四章分析了一类具无穷时滞和脉冲控制策略的生态传染病模型,利用乘子理论等得到了害虫灭绝周期解的稳定性和系统的持续生存性的条件,然后运用数值模揭示系统丰富的动力学现象,如分支,混沌等.
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